Theo thống kê thì cứ 1 trong 4 trẻ tiêm vắc xin sẽ có những biểu hiện phản ứng phụ với thuốc. Những biểu hiện thường gặp là sốt, sưng tấy, sưng phồng, trên da. Trong một số trường hợp sau cần tránh không nên tiêm văc xin cho trẻ. Viêm não Nhật Bản: Sau khi tiêm, ngay tại chỗ tiêm có thể bị đỏ, sưng tấy. Đôi khi trẻ bị ớn lạnh, đau đầu, sốt sau khi tiêm. Không được tiêm khi trẻ đang sốt cao, mắc bệnh tim, thận, gan, đái tháo đường, đang mắc bệnh ung thư.