Dù chỉ chiếm 5% tổng số các ca lao, nhưng lao màng não là thể lao ngoài phổi có tiên lượng nặng, tỉ lệ tử vong còn cao và thường để lại di chứng nặng: Nếu nhập viện muộn (khi đã hôn mê sâu), tỷ lệ tử vong ở bệnh nhân lao màng não lên đến 70-80%. Những người còn sống có thể gặp những biến chứng nặng nề như sống đời sống thực vật, động kinh, mù mắt, liệt dây thần kinh 3 hoặc 4, liệt nửa người hoặc hai chi dưới, thiểu năng trí tuệ, thay đổi tính.