Việc sử dụng các RFLP và VNTR mặc dù có ích nhưng phụ thuộc nhiều vào kỹ thuật dòng hóa (cloning) và kỹ thuật chuyển và cố định ADN lên màng thấm. Những kỹ thuật này có một số hạn chế nhất định: (1) việc dòng hóa thường đòi hỏi nhiều thời gian (trung bình là 1 tuần hoặc hơn); (2) việc thực hiện kỹ thuật Southern blot đòi hỏi một lượng lớn ADN tinh khiết, thường là phải nhiều microgram (để có được số lượng này thường cần khoảng 1ml máu tươi). Kỹ thuật PCR cho phép nhân một.
