.Phương pháp xác định các RFLP chỉ cho phép phát hiện các biến dị có mặt hoặc không có mặt ở một vị trí hạn chế trên DNA. Các biến dị này được gọi là sự đa hình của các vị trí giới hạn ( restriction site polymorphism: RSPs). trong trường hợp này mỗi biến dị chỉ có thể có 2 allele do đó cũng dẫn đến sự hạn chế khi khảo sát các biến dị di truyền. Sự đa dạng sẽ tăng lên nếu như biến dị có thể tạo ra nhiều allele hơn, những biến dị như vậy.