Công tác kiểm soát thanh toán chi trả các khoản chi ngân sách nhà nước qua kho bạc nhà nước là khâu cuối cùng để hoàn thành quy trình kiểm soát chi ngân sách nhà nước, với mục tiêu là các khoản chi ngân sách nhà nước phải đảm bảo đúng mục đích, đúng định mức, có kế hoạch và đạt hiệu quả cao.