Quy trình kiểm toán dự án đầu tư quy định trình tự, nội dung, thủ tục tiến hành các công việc của mỗi cuộc kiểm toán thuộc lĩnh vực dự án đầu tư. Quy trình này được xây dựng trên cơ sở các quy định của Luật kiểm toán nhà nước, Hệ thống chuẩn mực kiểm toán nhà nước, Quy trình kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước, chế độ của Nhà nước và thực tiễn hoạt động kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước trong lĩnh vực dự án đầu tư