Phần mềm NTSYSpc , phần mềm Winboot, phần mềm Mega , vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX ,. là những nội dung chính trong tài liệu "Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm NTSYSpc , Winboot và Mega ". để nắm bắt nội dung chi tiết. | HƯỚNG DẪN MỘT SỐ THAO TÁC TRÊN CÁC PHẦN MỀM NTSYSpc , WINBOOT VÀ MEGA 1. Phần mềm NTSYSpc a. So sánh tương đồng - Mở phần mềm NTSYSpc chọn Similarity chọn Qualitative data Input file () Output file (đặt tên file ) Compute b. Vẽ sơ đồ nhánh - Chọn Clustering chọn SAHN Input file () Output file (đặt tên ) Compute - Có 2 cách: Chọn biểu tượng Plot tree ở góc dưới bên trái để hiển thị hình vẽ Chọn Graphics Chọn Tree plot Input file () Compute 2. Phần mềm Winboot a. Tạo file dạng .dat - Mở file chọn Save as lưu file dưới dạng Text (Tab delimited) - Đến thư mục đã lưu file, chuyển thành b. Chỉ số bootstrap - Mở phần mềm Winboot Input file format chọn Tab Browse File name chọn Ok Coefficient chọn Dice Samples chọn 2000 Compute 3. Phần mềm Mega a. So sánh trình tự - Align Edit/Build Alignment Ok DNA Edit Insert Sequence From File chọn file text chứa các trình tự định dạng FASTA Đánh dấu các trình tự muốn so sánh (hoặc Ctrl A để chọn tất cả trình tự) Alignment Align by ClustalW Ok Save file thoát b. Xây dựng cây phả hệ - File Open A File/Session. chọn file đã save Analysis Phylogeny Construct/Test Maximum Likelihood Tree Yes Compute 4. Vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX Mở phần mềm ClustalX chèn trình đầu tiên vào thì chọn Load sequences, khi chèn nhiều trình tự vào chương trình thì bắt đầu từ trình tự thứ 2 phải chọn Append Sequence Tab Alignment Do Complete Alignment Align 5. Phần mềm BioPro Nhập số cột (Samples) và số hàng (Species) tương ứng với số mẫu và số mẫu band trong thí nghiệm Dán bảng hệ nhị phân vào vị trí này Menu Tools chọn Options Cluster analysis Show Distance và Show Similarities Show Distance Distance Equation theo Jacard Ok Trở lại menu Multivariate Cluster Analysis Chỉ số bootstrap: là tần số xuất hiện của một nhóm (cluster) trên sô lần giản đồ được thiết lập. Đơn vị tính là % (phần trăm). Theo Felsenstein (1985) bootstrap là một công cụ hỗ trợ cho việc xây dựng cây phát sinh loài. Chỉ số bootstrap nói lên độ tin cậy của sự gần gũi các thành viên của nhóm của cây phả hệ.
