Lên men tự nhiên cần xây dựng nhiều bể lên men tốn kém và chịu nhiều tác động không kiểm soát được từ bên ngoài, nhất là yếu tố nhiệt độ, do đó kết quả thu được không ổn định. Chất lượng cà phê có nguy cơ bị giảm do nhiều hạt bị lên men thối dẫn đến các mùi vị xấu trong nước pha. Lên men tự nhiên làm tăng mức độ ô nhiễm nước và không khí.