Phần 2 giáo trình trình bày các nội dung: Quần xã sinh vật, hệ sinh thái, chu trình sinh địa hóa học, nguyên lý và khái niệm, năng lượng và năng suất trong hệ sinh thái, sự phát triển tiến hóa của hệ sinh thái, khái niệm về diễn thế và cao đỉnh, các sinh thái học chủ yếu của sinh quyển,. .