Tiếp nối phần 1, phần 2 giáo trình gồm nội dung chương III đến chương V. Chương III mô tả sự vận động của hệ sinh thái đồng ruộng liên quan đến các nhân tố ánh sáng, đất đai, cây trồng, cỏ dại, tuần hoàn vật chất và phân bón. Chương IV giới thiệu các biện pháp điều khiển hệ sinh thái đồng ruộng. Chương V giúp cho người học, đặc biệt là sinh viên sau đại học hệ thống hoá các khối kiến thức đã học và các kỹ thuật học hệ thống của hệ sinh thái đồng ruộng.