Phần 2 giáo trình trình bày vai trò của vi sinh vật trong vòng tuần hoàn Nitơ; tác dụng của vi sinh vật trong quá trình chuyển hóa S, P, Fe; tác dụng của vi sinh vật trong quá trình hình thành mùn và kết cấu đất; quan hệ giữa vi sinh vật và thực vật; biện pháp canh tác và vi sinh vật đất; vi sinh vật và bảo vệ thực vật; vi sinh vật và bảo quản nông sản.