Các hồ chứa thượng nguồn đã có những ảnh hưởng không nhỏ đến chế độ lũ và ngập lụt hạ du lưu vực sông Vu Gia Thu Bồn. Nếu có chế độ vận hành hợp lý các hồ chứa này sẽ có tác động tích cực đối với vùng hạ du mà vẫn đảm bảo được mục tiêu phát điện và an toàn hồ chứa; ngược lại, nếu không có chế độ vận hành thích hợp sẽ có tác động tiêu cực và trong nhiều trường hợp gây thiệt hại lớn cho vùng hạ du. Trong nghiên cứu này, đề xuất phương án xả lũ hợp lý cho hệ thống Vu Gia – Thu Bồn để giảm lũ cho hạ du mà không ảnh hưởng lớn đến mục tiêu phát điện của các hồ chứa.