Do quá trình đô thị hóa, mở rộng hệ thống giao thông, xây dựng trụ sở của các cơ quan, cơi nới xây dựng nhà dân, diện tích mặt nước trong thành phố Vĩnh Yên đang bị thu hẹp dần. Cùng với đó do chịu ảnh hưởng của việc xả thải không được quản lý và giám sát nghiêm ngặt đã dẫn tới tình trạng chất lượng môi trường nước đã có xu thế suy giảm. Tham khảo bài viết "Đánh giá hiện trạng môi trường nước và kiến nghị giải pháp bảo vệ môi trường nước thành phố Vĩnh Yên" để nắm bắt nội dung chi tiết.