Hai loại nguyên liệu hiện đang được sử dụng để chưng cất sinh học và chế tạo nhiên liệu sinh học là carbohydrate và lipids. Các loại nhiên liệu sinh học như ethanol được chiết xuất từ nguyên liệu carbohydrate như đường và lignocellulose, còn diesel sinh học được chiết xuất từ một nguyên liệu khác, dầu thực vật nhiều lipid.