Khi phân tích bằng phương pháp sắc ký khí khối phổ Chlorophyll có trong mẫu sẽ gây ảnh hưởng xấu tới thiết bị đặc biệt là ở buồng bơm mẫu, cột phân tích và detector khối phổ. Do vậy loại trừ Chlorophyll trong quá trình làm sạch mẫu trước khi phân tích trên thiết bị là một việc cần thiết. 4 loại than hoạt tính và cacbon đen đã được sử dụng trong thí nghiệm loại bỏ Chlorophyll. Kết quả chỉ ra rằng chỉ có cacbon đen (10mg/mL) là chất phù hợp cho việc làm sạch Chlorophyll mả vẫn đảm bảo tốt được độ thu hồi của các hóa chất bảo vệ thực vật phân tích.