Thành phần và mật độ các cá thể sống trong môi trường nước phụ thuộc chặt chẽ vào đặc điểm, thành phần hoá học nguồn nước. Các loại sinh vật tồn tại trong nguồn nước tự nhiên chủ yếu là vi khuẩn, nấm, siêu vi trùng, tảo, cây cỏ, động vật nguyên sinh, động vật đơn bào, các loài nhuyễn thể và các loại động vật có xương sống.