Bài viết Một thuật toán tối ưu đàn kiến dóng hàng toàn cục mạng tương tác protein giới thiệu một thuật toán dóng hàng toàn cục mạng tương tác protein dựa trên phương pháp tối ưu hoá đàn kiến. Các thực nghiệm cho thấy phương pháp đề xuất cho kết quả tốt hơn hẳn các phương pháp mới nhất hiện nay. | Kỷ yếu Hội nghị Quốc gia lần thứ VIII về Nghiên cứu cơ bản và ứng dụng Công nghệ thông tin (FAIR); Hà Nội, ngày 9-10/7/2015 DOI: MỘT THUẬT TOÁN TỐI ƯU ĐÀN KIẾN DÓNG HÀNG TOÀN CỤC MẠNG TƯƠNG TÁC PROTEIN Trần Ngọc Hà1, Hoàng Xuân Huấn2 1 Trường ĐH Sư phạm – Đại học Thái Nguyên. Trường ĐH Công nghệ - Đại học Quốc gia Hà Nội. hatn@, huanhx@ 2 TÓM TẮT - Dóng hàng toàn cục mạng tương tác protein là một trong những bài toán quan trọng trong tin sinh học và đang được nhiều người quan tâm nghiên cứu. Các mạng được dóng hàng chính xác cho phép ta có thể xác định các orthologous protein. Bài viết này, chúng tôi giới thiệu một thuật toán dóng hàng toàn cục mạng tương tác protein dựa trên phương pháp tối ưu hoá đàn kiến. Các thực nghiệm cho thấy phương pháp đề xuất cho kết quả tốt hơn hẳn các phương pháp mới nhất hiện nay. Từ khóa - Dóng hàng toàn cục, mạng tương tác protein, tối ưu đàn kiến. I. GIỚI THIỆU Trước cách tiếp cận dóng hàng mạng, việc phát hiện nhóm các orthologous protein chỉ dựa trên các quan hệ tiến hóa, với tiêu chí thường được sử dụng là độ tương tự về mặt trình tự [1, 23]. Tuy nhiên, chỉ tính tương đồng trình tự thường không đủ để xác định các phức hợp protein được bảo tồn [12, 24, 26]. Sự phát triển của các kỹ thuật công nghệ sinh học trong hơn thập kỷ qua đã cho phép xây dựng được các mạng tương tác protein Protein-Protein Interraction Network – PPI Network) cho nhiều loài sinh vật. Từ các dữ liệu này, một số bài toán về phân tích mạng PPI đã được đặt ra (xem [3, 7, 15-17]), chẳng hạn như: phân tích cấu trúc tô pô mạng [9], phát hiện mô-đun [2]. Trong đó, đặc biệt quan trọng là các bài toán dóng hàng mạng PPI dựa trên kết hợp thông tin về sự tương tác giữa các protein cùng với mối quan hệ tiến hóa giữa các trình tự. Việc so sánh tính tương đồng của các mạng PPI này cung cấp nhiều thông tin hữu ích cho dự đoán các chức năng chưa biết hoặc kiểm định các chức năng đã biết của các proteins [8, 11, 25]. Các .
