Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 5: Tiến hóa phân tử và cây phân loại nêu lên khái niệm cây phân loài, nguồn gốc cây phân loài, các phương pháp xây dựng cây phân loài. Mời các bạn tham khảo bài giảng để bổ sung thêm kiến thức về lĩnh vực này. | TIN SINH HỌC ĐẠI CƯƠNG (Introduction to Bioinformatics) Chương 4: TIẾN HÓA PHÂN TỬ VÀ CÂY PHÂN LOÀI . Trần Văn Lăng Email: langtv@ Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 2 Khái niệm • Cây phân loài (Phylogenetic tree) hay còn gọi là: • Khái niệm cây phân loài • Nguồn gốc cây phân loài • Các phương pháp xây dựng cây phân loài Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY – Cây phả hệ – Cây tiến hóa (Revolutionary tree) – Cây phát sinh loài 3 Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 4 1 • Cây được dùng để mô hình hóa lịch sử tiến hóa thực tế của một nhóm các trình tự hay các sinh vật. Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY • Đối tượng nghiên cứu truyền thống của cây phân loài là biểu diễn mối quan hệ tiến hóa giữa các loài. 5 • Khi biểu diễn trong cây phân loài 6 • Các nút bên trong đôi khi còn được coi: – n loài hiện tại được biểu diễn ở n lá của cây – Các nút bên trong (các nhánh) đại diện cho các loài tổ tiên chung nay đã tuyệt chủng Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY – Sự đại diện cho một nhóm các loài – Một sự kiện riêng biệt 7 Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 8 2 Biểu diễn cây có gốc • Cách biểu diễn: có 2 dạng – Cây có gốc (rooted tree) – Cây không gốc (unrooted tree) • Gọi là biểu diễn Phylip hay NEWICK Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 9 Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 10 Các biểu diễn cây không gốc • Biểu diễn cây (A, (B, C)) và ((B, C), A) giống nhau hoàn toàn. • Theo tự nhiên, cây có nút gốc được vẽ từ dưới lên. • Tuy nhiên, khi biểu diễn .
