Cùng với sự phát triển không ngừng của nền kinh tế với sự chuyên môn hóa cao, việc giao nhận hàng hóa xuất nhập khẩu không còn là gánh nặng của các Công ty xuất nhập khẩu. Do nhu cầu của thị trường, các công ty kinh doanh dịch vụ giao nhận ra đời để đảm nhiệm các công việc này. | Tuy nhiên cho đến nay, việc triển khai thủ tục hải quan điện tử vẫn còn nhiều tồn tại cần phải giải quyết, trong đó đặc biệt là cơ sở vật chất kỹ thuật, hệ thống mạng, tốc độ đường truyền, đội ngũ cán bộ chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển thủ tục hải quan điện tử. Hơn nữa, việc triển khai thí điểm thủ tục hải quan điện tử chỉ mới áp dụng với một số ít doanh nghiệp và địa bàn áp dụng còn rất hạn chế. Vì vậy, Nhà nước cần nâng cao cơ sở vật chất kỹ thuật, tăng tốc độ đường truyền và quản lý hệ thống mạng tiếp nhận dữ liệu hải quan một cách khoa học. Ngoài ra, Nhà nước cần có chính sách, cơ chế tăng cường chất lượng đào tạo đội ngũ nhân viên làm đại lý thủ tục hải quan chuyên nghiệp. Đồng thời làm tốt công tác khen thưởng, quan tâm nhiều đến việc tăng lương cho công chức hải quan kèm với những biện pháp xử lý mạnh như cách chức, bổ nhiệm vị trí khác hay cho thôi việc vĩnh viễn. Và, Nhà nước còn phải nâng cao trình độ, năng lực, đạo đức của công chức hải quan, trong đó xem trọng ngay từ khâu tuyển dụng công chức hải quan. Bên cạnh sự hỗ trợ của lãnh đạo ngành hải quan nói riêng và Nhà nước nói chung, các doanh nghiệp cũng cần có sự hợp tác tích cực để các tiêu cực phí không còn là vấn đề xôn xao dư luận.