Trong lĩnh vực sinh học phân tử, thang DNA là dấu chuẩn không thể thiếu. Nghiên cứu này phát triển phương pháp mới tạo thang DNA nhanh và hiệu quả thông qua công cụ tin sinh học để thiết kế các cặp mồi bắt cặp đặc hiệu trên khuôn plasmid duy nhất pHT254, cho sản phẩm PCR với kích thước khác nhau từ 100 bp đến 2000 bp. Các sản phẩm PCR sau đó được tinh chế, xác định nồng độ DNA và tiến hành phối trộn. Sản phẩm thu được là các thang DNA thang khác nhau với các vạch phù hợp mục đích sử dụng. | TẠP CHÍ KHOA HỌC ĐHSP TPHCM Số 3(81) năm 2016 _ ỨNG DỤNG TIN SINH HỌC VÀ KĨ THUẬT PCR TẠO THANG DNA DỰA TRÊN MỘT KHUÔN PLASMID DUY NHẤT HUỲNH THỊ KIM PHƯƠNG*, TRƯƠNG THỊ TINH TƯƠM**, VÕ MINH TOÀN** , PHAN THỊ PHƯỢNG TRANG***, NGUYỄN ĐỨC HOÀNG**** TÓM TẮT Trong lĩnh vực sinh học phân tử, thang DNA là dấu chuẩn không thể thiếu. Nghiên cứu này phát triển phương pháp mới tạo thang DNA nhanh và hiệu quả thông qua công cụ tin sinh học để thiết kế các cặp mồi bắt cặp đặc hiệu trên khuôn plasmid duy nhất pHT254, cho sản phẩm PCR với kích thước khác nhau từ 100 bp đến 2000 bp. Các sản phẩm PCR sau đó được tinh chế, xác định nồng độ DNA và tiến hành phối trộn. Sản phẩm thu được là các thang DNA thang khác nhau với các vạch phù hợp mục đích sử dụng. Từ khóa: Thang DNA, pHT254, PCR, HT100, HT200. ABSTRACT Synthesis of DNA ladder by bioinformatic and PCR technique based on unique plasmid DNA ladder is an indispensable marker in molecular biology. This study developed a new method to create quickly and efficiently DNA ladder via the bioinformatics tools to design specific primers paired on unique plasmid pHT254, the result of the PCR technique is DNA fragments with different sizes from 100 bp to 2000 bp. The PCR products then were purified and carried out mixing. Resulting product is different DNA ladders that contain the wishes lines, due to the mixing of each individual PCR products. Keywords: DNA marker, pHT254, PCR, HT100, HT200. 1. Giới thiệu Hiện nay, hai phương pháp thông dụng truyền thống tạo thang DNA được sử dụng là nối không hoàn toàn các đoạn DNA có kích thước xác định và cắt giới hạn plasmid của Escherichia coli [6], bộ gene bacteriophage hay bộ gene của Tenebrio molitor [4]. Đối với phương pháp nối không hoàn toàn, các phân tử DNA mạch thẳng được nối với nhau qua liên kết cộng hóa trị phosphodieste bởi enzyme ligase, một hỗn hợp các phân tử DNA có kích
