Bài viết trình bày phương pháp so sánh hai cấu trúc protein. Thực hiện xếp chồng và rút ngắn khoảng cách giữa nguyên tử Carbon-α của các phần tử hai protein để tìm ra được mô hình tương đồng cao nhất của hai protein. Nguồn protein thực hiện trong phương pháp được lấy từ ngân hàng protein thế giới - Protein Data Bank (PDB). Mặc dù có nhiều phương pháp thực hiện so sánh cấu trúc, nhưng vẫn còn nhiều vấn đề cần nghiên cứu và mở rộng. | SO SÁNH CẤU TRÚC PROTEIN SỬ DỤNG MÔ HÌNH TỔNG QUÁT Văn Đình Vỹ Phương1, Phan Mạnh Thường1 , Trần Văn Lăng2 (1) Khoa Công nghệ thông tin, Trường Đại học Lạc Hồng (2) Viện Cơ học và Tin học ứng dụng, VAST {phuong,thuong}@, tvlang@ Tóm tắt. Bài viết trình bày phương pháp so sánh hai cấu trúc protein. Thực hiện xếp chồng và rút ngắn khoảng cách giữa nguyên tử Carbon-α của các phần tử hai protein để tìm ra được mô hình tương đồng cao nhất của hai protein. Nguồn protein thực hiện trong phương pháp được lấy từ ngân hàng protein thế giới - Protein Data Bank (PDB). Mặc dù có nhiều phương pháp thực hiện so sánh cấu trúc, nhưng vẫn còn nhiều vấn đề cần nghiên cứu và mở rộng. Phương pháp được trình bày trong bài báo được mở rộng từ phương pháp Chimera. Phương pháp đưa ra được kết quả tối ưu hơn so với cách sắp xếp chồng đơn thuần. Tính toán sự trùng khớp từ việc xếp hàng cấu trúc, rút ngắn khoảng cách hai cấu trúc và tiến hành dịch chuyển, giúp cho việc thể hiện sự tương đồng của protein một cách chính xác hơn. Tuy nhiên, vẫn còn một số hạn chế gặp phải và chưa giải quyết được: xử lý định hướng chuỗi liên kết; so sánh nhiều cấu trúc protein tại một thời điểm. Từ khoá: cấu trúc protein, so sánh cấu trúc 1. Đặt vấn đề Protein đóng vai trò chính trong quá trình sinh học của động, thực vật. Với chuỗi trình tự amino acid giống nhau, nhưng sự liên kết phần tử, nếp gấp khác nhau sẽ tạo ra cấu trúc protein khác nhau, dẫn đến chức năng và cách thức hoạt động của protein đó cũng khác nhau. Việc dự đoán cấu trúc bậc 3 của protein để biết quy trình hoạt động, chức năng của protein vẫn là một thách thức lớn trong lĩnh vực sinh học tính toán. Có nhiều cách thức để tìm cấu trúc protein, bằng kỹ thuật thực nghiệm có phương pháp chụp xquang tinh thể, cộng hưởng từ hạt nhân, hoặc bằng các phương pháp dự đoán như Ab-Initio, mô hình hóa tương đồng. Phương pháp cộng hưởng từ hạt nhân (NMR) [1] được sử dụng để xác định cấu trúc và tính năng của các protein. Việc xác định cấu
