Nội dung bài viết xây dựng một quy trình phân tử để xác định đa hình đơn nucleotide (Single Nucleotide Polymorphism-SNP) trên gen IFNL4 bằng kỹ thuật real-time PCR với hai Taqman probe đặc hiệu cho mỗi dạng đa hình của ss469415590. Quy trình xây dựng gồm các bước: 1) Tách chiết DNA người từ máu toàn phần; 2) Nhân bản DNA người đã tách chiết trong phản ứng real-time PCR (Polymerase chain reaction) với cặp mồi ss469415590_IFNL4_F và ss469415590_IFNL4_R và hai Taqman probe đặc hiệu cho mỗi dạng đa hình là ss469415590_IFNL4_FAM cho đa hình G và ss469415590_IFNL4_VIC cho đa hình TT. Quy trình đã xây dựng được đánh giá trên 95 mẫu DNA người và tính được tần số allele TT là 93 % trong khi G là 7 %. Kết quả so sánh giữa hai phương pháp trên 10 mẫu lâm sàng cho thấy quy trình phân type ss469415590 bằng real-time PCR có độ chính xác là 100 %. | TAÏP CHÍ PHAÙT TRIEÅN KH&CN, TAÄP 20, SOÁ T1 - 2017 Xây dựng quy trình phân type đa hình đơn nucleotide trên gen IFNL4 có liên quan đến sự thanh thải virus viêm gan C Nguyễn Trung Hiếu Trần Thị Nhựt Linh Nguyễn Hữu Hùng Trường Đại học Nguyễn Tất thành Nguyễn Hoàng Chƣơng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM ( Bài nhận ngày 19 tháng 9 năm 2016, nhận đăng ngày 10 tháng 04 năm 2017) TÓM TẮT Chúng tôi xây dựng một quy trình phân tử để xác hiệu cho mỗi dạng đa hình là định đa hình đơn nucleotide (Single Nucleotide ss469415590_IFNL4_FAM cho đa hình G và Polymorphism-SNP) trên gen IFNL4 bằng kỹ thuật ss469415590_IFNL4_VIC cho đa hình TT. Quy trình real-time PCR với hai Taqman probe đặc hiệu cho đã xây dựng được đánh giá trên 95 mẫu DNA người mỗi dạng đa hình của ss469415590. Quy trình xây và tính được tần số allele TT là 93 % trong khi G là dựng gồm các bước: 1) Tách chiết DNA người từ 7 %. Kết quả so sánh giữa hai phương pháp trên 10 máu toàn phần; 2) Nhân bản DNA người đã tách mẫu lâm sàng cho thấy quy trình phân type chiết trong phản ứng real-time PCR (Polymerase ss469415590 bằng real-time PCR có độ chính xác là chain reaction) với cặp mồi ss469415590_IFNL4_F 100 %. và ss469415590_IFNL4_R và hai Taqman probe đặc Từ khóa: ss465415590, real-time PCR, SNP, interferon, Taqman probe MỞ ĐẦU Các nghiên cứu liên kết toàn bộ gene (Genome Wide Association Study-GWAS) đã phát hiện được sự liên quan giữa các đa hình đơn nucleotide (Single Nucleotide Polymorphism-SNP) và sự thanh thải virus viêm gan C (Hepatitis C Virus-HCV) ở các bệnh nhân khi điều trị bằng interferon (IFN) kết hợp ribavirin. Cụ thể là ở SNP rs12979860, người mang genotype C/C có tỷ lệ đáp ứng siêu vi bền vững (Stable Viral Response-SVR) cao hơn các genotype khác như C/T hoặc T/T. Tương tự ở SNP rs8099917, người mang genotype T/T có tỷ lệ SVR cao hơn người mang genotype T/G và G/G [1, 2]. Với lý do này, việc phân biệt genotype có liên quan đến các SNP này là cần thiết để tiên lượng khả năng đáp .
