Bài báo đề cập đến tính toán động lực phân tử của năng lượng sol-fi fi-ee của một số amino tương tự chuỗi axit bên trong nước bằng GROMACS sofh \ 'là và theo sau tính toán Dillgroup thủ tục. | Tap chi Hoa hoc, T. 47 (6), Tr. 709 - 715, 2009 TINH NANG LLfONG TL/ DO HYDRAT HOA CUA CHAT TUONG TL/ AXIT AMIN BANG PHUONG PHAP DONG LL/C PHAN TLT Den Tda soan 24-12-2008 DANG UNG VAN', NGUYEN HOA MY' ' Trucmg Dai hgc Hod Binh, Hd Ngi 'Trung tdm dng dung tin trong hod hgc, DH Khoa hgc Tu nhien, DHQG Hd Ngi ABSTRACT The paper deals with molecular dynamics calculation of solvation fi-ee energy of some amino acid side chain analogs in water by GROMACS sofh\'are and following Dillgroup calculation procedure. We calculated the fi-ee energy for turning off the Lennard-Jones interactions of 8 amino acid analogs including methane/Ala, n-hutan/Ile, isohutan/Leu, propane/Val, acetamid/Asn, p-cresol/Tyr, etanol/Thr and metanollSer represented with the OP ES-AA force field in TIP3P water models. We achieved a high degree of statistical precision in molecular dynamic simulations and by thermodynamic intergration method obtained the deviation of calculated fi'ee energy of hydration of about - kcal/mol fi'om the experimental hydration fiee energy measurements of the same molecules. I - M O DAU Tfnh loan nang lugng tu do la mdt trong nhiing viec khd nha't va tdn kem thdi gian may nha't eiia dgng luc phan tir. Tuy vay, vl nguyen tac, phuang phap nay cho kit qua kha phii hgp vdi thuc nghiem va cd the du bao chfnh xac nang lugng tu do ciia cac qua trinh hoa ly [1] khdng kem theo viec cit diit va hinh thinh cac lien kit cdng hoa tri, vf du nhu qua trinh xonvat hoa. qua trinh tao phirc Michaelis giira phd'i tir va protein . Kit qui tinh toan nang lutpng tu do thucmg rat nhay vai viec lua chgn mdt sd dilu kien bien vdn khong quan trong ddi vdi phep tfnh ddng luc phan tir thdng thudng. Vf du nhu khi xir ly phin khoang tac dung xa cua luc Coulomb bing thuat toan ludi hat Ewald (PME), cac tham sd PME vdn dii diing cho cac tfnh toan dong luc phan tu thdng thudng thi lai cd the cho sai sd nghiem trgng trong viec tfnh toan nang luang tu do ciia qua trinh thay ddi dien .
