Bài viết "Nghiên cứu sàng lọc các hợp chất có hoạt tính ức chế protein không cấu trúc 4B của virus dengue týp 2 bằng phương pháp in silico" có mục tiêu của nghiên cứu nhằm xây dựng các mô hình sàng lọc ảo của các hợp chất có hoạt tính ức chế NS4B của virus dengue týp 2. | Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 22 * Số 1 * 2018 Nghiên cứu Y học NGHIÊN CỨU SÀNG LỌC CÁC HỢP CHẤT CÓ HOẠT TÍNH ỨC CHẾ PROTEIN KHÔNG CẤU TRÚC 4B CỦA VIRUS DENGUE TÝP 2 BẰNG PHƢƠNG PHÁP IN SILICO Trần Huỳnh Ý Nhi*, Trần Quế Hương**, Đỗ Minh Nguyệt***, Nguyễn Thị Thu Hà*, Thái Khắc Minh* TÓM TẮT Mở đầu: Virus Dengue lây truyền qua muỗi có thể gây nên những triệu chứng từ nhẹ như bệnh sốt Dengue đến đe doa mạng sống, sốt xuất huyết Dengue hoặc hội chứng sốc Dengue. Hiện nay vẫn chưa có thuốc điều trị đặc hiệu cho virus Dengue nói chung và virus Dengue týp 2 nói riêng. NS4B, protein không cấu trúc 4B, gần đ}y là một mục tiêu t{c động thú vị. Protein này gồm 248 acid amin và là protein màng có tính kỵ nước cao. Vai trò của NS4B quan trọng trong giai đoạn sao chép của virus v| cơ chế sinh bệnh. Mục tiêu: Mục tiêu của nghiên cứu này là xây dựng các mô hình sàng lọc ảo của các hợp chất có hoạt tính ức chế NS4B của virus dengue týp 2. Đối tượng - Phương pháp nghiên cứu: Mô hình tương đồng của NS4B được xây dựng nhờ chương trình trực tuyến I-TASSER. Phối tử được chuẩn bị bằng phần mềm MOE và tối thiểu hóa năng lượng nhờ phần mềm Sybyl-X . Quá trình docking thực hiện bởi công cụ FlexX tích hợp trong phần mềm LeadIT . Đ{nh gi{ mô hình docking dựa v|o điểm số docking v| tương t{c phối tử thể hiện trong phần mềm MOE . Mô hình 3D-pharmacophore xây dựng từ 6 hợp chất có hoạt tính tốt nhất. Tập đ{nh gi{ dựa trên 122 chất thu thập được để đ{nh gi{ khả năng dự đo{n của mô hình xây dựng được. Sau đó, c{c mô hình được áp dụng để sàng lọc các hợp chất có hoạt tính ức chế NS4B trong dữ liệu Ngân hàng thuốc. Kết quả: Phối tử dock vào khoang gắn kết đề xuất bởi MOE cho kết quả Gly16, His17, Thr39 trong xoắn α2 và Asn70, Thr73 trong xoắn α3 quan trong để tạo liên kết hydro. Bên cạnh đó, tương t{c Van der Waals và giá trị logP từ 0-3,5 giúp hợp chất tiếp cận và ổn định trong NS4B. Mô hình 3Dpharmacophore xây dựng từ 6 hợp chất gồm 4 điểm, l| điểm liên .
