Trong nghiên cứu này, mô hình mô tả phân tử docking và mô hình 3D-pharmacophore được thực hiện nhằm tìm ra các đặc trưng cấu trúc cần thiết cho một chất ức chế new delhi metallo-β-lactamase-1 cũng như dự đoán các chất có tiềm năng ức chế new delhi metallo-β-lactamase-1. | Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 22 * Số 1 * 2018 Nghiên cứu Y học XÂY DỰNG MÔ HÌNH DỰ ĐOÁN HOẠT TÍNH ỨC CHẾ NEW DELHI METALLO-β-LACTAMASE-1 NDM-1 Hà Thị Kiều Oanh*, Võ Viết Việt*, Đinh Văn Toàn*, Nguyễn Tuấn Huy*, Lê Quốc Hưng*, Mai Thành Tấn*, Thái Khắc Minh* TÓM TẮT Mở đầu: New Delhi metallo-β-lactamase-1 (NDM-1) thuộc phân lớp metallo-β-lactamase (MBL) do các vi khuẩn Enterobacteriaceae tiết ra để đề kháng kháng sinh. Enzym này bất hoạt hầu hết các loại kháng sinh β-lactam bao gồm carbapenem bằng cách xúc tác sự thủy phân của liên kết amid gây nên tình trạng đa kháng thuốc kháng sinh rất đ{ng lo ngại. Vì vậy, c{c hướng nghiên cứu chủ yếu tập trung vào phát triển chất ức chế New Delhi metallo-β-lactamase-1 để khôi phục hoạt tính kháng sinh. Trong nghiên cứu này, mô hình mô tả phân tử docking và mô hình 3D-pharmacophore được thực hiện nhằm tìm ra c{c đặc trưng cấu trúc cần thiết cho một chất ức chế New Delhi metallo-β-lactamase-1 cũng như dự đo{n các chất có tiềm năng ức chế New Delhi metallo-β-lactamase-1. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Mô hình mô tả phân tử docking được xây dựng bằng công cụ FlexX tích hợp trong LeadIT. Kết quả được phân tích dựa trên sự kết hợp giữa điểm số docking v| mô hình tương tác ligand interactions của MOE. Mô hình 3D-pharmacophore được xây dựng trên tập 12 chất có hoạt tính mạnh nhất. Tập đ{nh gi{ gồm 483 chất được sử dụng để kiểm tra độ tin cậy của mô hình. Kết quả và bàn luận: Kết quả mô hình docking của các chất ức chế NDM-1 trên khoang gắn kết và các nghiên cứu cho thấy các acid amin Asn220, His250, His122, Gln123 là những acid amin quan trọng trong khoang gắn kết. Mô hình pharmacophore được đề xuất l| mô hình 5 điểm gồm 1 điểm cho liên kết hydro, 1 điểm nhận liên kết hydro, 2 vị trí vòng thơm, 1 vị trí cho liên kết với kim loại với khả năng dự đo{n l| 90,24%. Mô hình docking trên 215 chất th a mô hình 3D-pharmacophore 5 điểm dự đo{n 8 chất có khả năng ức chế NDM-1. Kết luận: Kết quả mô hình docking cho thấy vị trí các
