Nghiên cứu giải mã toàn bộ genome của 3 chủng virus PRRS tại 3 thời điểm dịch khác nhau, phân tích sự tiến hóa về genome và gen ORF5 là thực sự cần thiết để có dữ liệu gen học về các chủng đại diện, giúp cho việc nghiên cứu sản xuất các vacxin thế hệ mới phù hợp với virus PRRS đang lưu hành, đồng thời xác định được mức độ tiến hóa của virus đương nhiễm với các chủng trước đó tại Việt Nam và trên thế giới. | KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXIII SỐ 3 - 2016 MOÄT SOÁ ÑAËC ÑIEÅM SINH HOÏC PHAÂN TÖÛ CUÛA VIRUS GAÂY HOÄI CHÖÙNG ROÁI LOAÏN SINH SAÛN VAØ HOÂ HAÁP ÔÛ LÔÏN (PRRS) PHAÂN LAÄP ÑÖÔÏC TAÏI VIEÄT NAM TÖØ CAÙC OÅ DÒCH NAÊM 2007, 2010, 2013 Nguyễn Thị Thu Hằng1, Lê Quang Hòa2, Trần Thị Thanh Hà1, Trần Thị Thu Hằng1, Nguyễn Viết Không1 TÓM TẮT Toàn bộ genome của 3 chủng virus PRRS: HT-07, QT-10, HD-13 đại diện phân lập được ở Hà Tây, Quảng Trị, Hải Dương tại các ổ dịch lợn mắc Hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp (PRRS) trong các năm 2007, 2010, 2013 đã được giải trình tự, chiều dài của các bộ genome của 3 chủng virus là 15320 nucleotid. Trình tự các bộ genome của 3 chủng virus nói trên đã được so sánh với trình tự bộ genome của 29 chủng đại diện ở ngân hàng gen thế giới (GenBank) để lập cây phả hệ và xác định sự tiến hóa của loài. Kết quả nghiên cứu cho thấy cả 3 chủng virus PRRS phân lập được ở Việt Nam đều thuộc typ II (Bắc Mỹ), cùng phân nhóm với các chủng virus độc lực cao của Trung Quốc và có quan hệ họ hàng với chủng virus gốc VR-2332 (Bắc Mỹ). Trình tự nucleotid và amino acid của gen ORF5 đã được sử dụng để phân tích, so sánh và tính tỷ lệ tương đồng về nucleotid và amino acid giữa 3 chủng virus PRRS HT- 07, QT-10, HD -13 với nhau và với 4 chủng độc lực cao (JXA1, JXwn06, SY0608, 07HEBTJ) của Trung Quốc phân lập được từ những năm 2006 -2007. Kết quả so sánh cho thấy 3 chủng PRRS HT- 07, QT-10, HD -13 có tỷ lệ tương đồng với nhau rất cao về nucleotid (98,7-99,7%), về amimo acid (98-99,5%). So với 4 chủng của Trung Quốc thì chủng QT-10 có tỷ lệ tương đồng cao nhất về nucleotid (99,3-99,8%), về amino acid (99,5-100%) tiếp đến là chủng HT- 07 (99-99,5% về nucleotid và amino acid) và chủng HD -13 có tỷ lệ tương đồng thấp nhất về nucleotid (98,7-99,3%), về amino acid (98-99%). So sánh với chủng gốc Bắc Mỹ VR-2332 thì các chủng virus PRRS của Việt Nam có tỷ lệ tương đồng thấp hơn về nucleotid (88,9-89,2%), về amino acid (88-88,5%). Từ khóa: Virus PRRS, Gen ORF5, Lợn, .
