Nhờ sử dụng các phương pháp nghiên cứu in silico, tác giả đã xác định và phân tích 10 gene KNOX ở trong hệ gene của cây dứa (Ananas comosusL.). Căn cứ vào kết quả phân tích cấu trúc và cây phả hệ, các gene KNOX của cây dứa được phân chia thành hai phân nhóm là phân nhóm I (năm gene) và phân nhóm II (năm gene). | ISSN 1859-1531 - TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ĐẠI HỌC ĐÀ NẴNG, SỐ 9(130).2018 67 PHÂN TÍCH HỌ GENE KNOX Ở CÂY DỨA (ANANAS COMOSUS L.) BẰNG PHƯƠNG PHÁP IN SILICO ANALYSIS OF KNOX GENE FAMILY IN PINEAPPLE (ANANAS COMOSUS L.) BY USING IN SILICO METHODS Cao Phi Bằng Trường Đại học Hùng Vương, Phú Thọ; Tóm tắt - Nhờ sử dụng các phương pháp nghiên cứu in silico, tác giả đã xác định và phân tích 10 gene KNOX ở trong hệ gene của cây dứa (Ananas comosusL.). Căn cứ vào kết quả phân tích cấu trúc và cây phả hệ, các gene KNOX của cây dứa được phân chia thành hai phân nhóm là phân nhóm I (năm gene) và phân nhóm II (năm gene). Các gene KNOX của cây dứa có mức độ bảo tồn cao về cấu trúc exon/intron. Các KNOX của cây dứa đều có đủ bốn trình tự bảo thủ đặc trưng. Phân tích Gene Ontology cho thấy cả 10 gene KNOX của cây dứa đều có vai trò điều hòa sinh học. Phân tích dữ liệu RNA-seq cho thấy cả 10 gene KNOX của cây dứa đều biểu hiện ở tất cả các mô nghiên cứu. Trong đó, nhiều gene (6/10 gene) biểu hiện yếu nhất ở hoa khi so với các mô khác. Đặc biệt, hầu hết các gene biểu hiện mạnh trong quả ở các thời kì phát triển khác nhau. Abstract - By using the in silico method, the author have identified and analyzed a total of 10 KNOX genes in the genome of Pineapple (Ananas comosus L.). Based on the protein structure and the phylogenetic analysis, the pineapple KNOX genes are divided into two subgroups, group I (five genes) and group II (five genes).The pineapple KNOX genes have a highly conserved level of exon/intron structure. All of ten KNOX proteins include four conserved domains. Gene Ontology analysis shows that all pineapple KNOX genes play an important role in biological regulation. RNA-seq analysis shows that all of ten KNOX genes are expressed in all study tissues. Many genes (6/10 genes) show the weakest expression level in flowers compared to other tissues. Especially, most of these genes have strong expression in fruits at different development .
