Luận án được tổ chức như sau. Chương 1 giới thiệu khái quát về chuỗi ADN, chuỗi axít amin, các phép biến đổi, mô hình biến đổi và bài toán ước lượng mô hình biến đổi axít amin; chương 2 đề xuất phương pháp ước lượng nhanh mô hình biến đổi axít amin; chương 3 của luận án giới thiệu mô hình biến đổi axít amin sử dụng nhiều ma trận, một cải tiến mới so với các mô hình đơn ma trận hiện nay; chương 4 đề xuất một thuật toán ước lượng mô hình biến đổi axít amin cải tiến giúp giảm 50% thời gian ước lượng mô hình và chương 5 trình bày mô hình biến đổi axít amin cho vi rút cúm, gọi là mô hình FLU. | ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ ------------------------------------------ ĐẶNG CAO CƯỜNG CÁC PHƯƠNG PHÁP XÂY DỰNG MA TRẬN BIẾN ĐỔI AXÍT AMIN Chuyên ngành: Khoa học Máy tính Mãsố: TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ THÔNG TIN Công trình được hoàn thành tại: Trường Đại học Công nghệ - Đại học Quốc gia Hà Nội. Người hướng dẫn khoa học: 1. TS. Lê Sỹ Vinh 2. TS. Lê Sĩ Quang Phản biện 1: . Vũ Đình Hòa Trường Đại học Sư phạm Hà Nội Phản biện 2: . Lương Chi Mai Viện Công nghệ thông tin, Viện Hàn lâm KH&CN VN Phản biện 3: . Nguyễn Đức Nghĩa Trường Đại học Bách khoa Hà Nội Luận án sẽ được bảo vệ trước hội đồng cấp Đại học Quốc gia chấm luận án tiến sĩ họp tại Trường Đại học Công nghệ vào hồi 9 giờ 00 ngày 10 tháng 01 năm 2014. Có thể tìm hiểu luận án tại: - Thư viện Quốc gia Việt Nam - Trung tâm Thông tin – Thư viện, Đại học Quốc gia Hà Nội MỞ ĐẦU 1. Tính cấp thiết của luận án Ứng dụng công nghệ thông tin để nghiên cứu và giải quyết các bài toán trong sinh học phân tử đang rất được quan tâm. Tin sinh học là lĩnh vực nghiên cứu kết hợp cả hai ngành công nghệ thông tin và sinh học phân tử. Tin sinh học đang được đầu tư lớn do khả năng mang lại sự tiến bộ về khoa học và hiệu quả kinh tế thông qua việc thúc đẩy sự phát triển công nghệ sinh học và ứng dụng trong y tế, nông nghiệp và các lĩnh vực khác. Các bài toán liên quan đến chuỗi prôtêin như sắp hàng đa chuỗi, tìm kiếm chuỗi tương đồng, xây dựng cây phân loài đều là các bài toán cơ bản và quan trọng của tin sinh học. Tất cả các bài toán này đều cần đến một thành phần rất quan trọng là mô hình (ma trận) biến đổi axít amin. Mô hình biến đổi axít amin có số lượng tham số lớn (khoảng 200 tham số) và thường khó có thể ước lượng trực tiếp trong quá trình phân tích dữ liệu. Chúng ta thường ước lượng trước một mô hình chung (general model) và mô hình này được sử dụng cho mọi bộ dữ liệu prôtêin. Mô hình tổng quát đầu tiên là PAM và gần đây nhất là LG. Quá trình ước lượng mô .
