Nghiên cứu xây dựng qui trình chẩn đoán virus gây bệnh lùn sọc đen ở Việt Nam bằng kỹ thuật sinh học phân tử

Nội dung bài viết trình bày nghiên cứu về giao thức chẩn đoán virus gây bệnh lùn sọc đen ở Việt Nam bằng kỹ thuật phân tử. Tổng cộng có 13 mẫu bệnh lùn sọc đen điển hình của khu vực đại diện tại Việt Nam đã được phân lập virus tổng số DSRNA bằng cách sử dụng cột CF11 cellulose. Phân tích các DSRNA được trích xuất cho thấy 7 phân đoạn tuyến tính, tương tự như hồ sơ điện di của virus lùn sọc đen miền Nam (SRBSDV). | Hội thảo Quốc gia về Khoa học Cây trồng lần thứ nhất NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG QUI TRÌNH CHẨN ĐOÁN VIRUS GÂY BỆNH LÙN SỌC ĐEN Ở VIỆT NAM BẰNG KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ . Phạm Xuân Hội Viện Di truyền Nông nghiệp SUMMARY Study on diagnostic protocol of virus causing rice black streaked dwarf disease in Vietnam by molecular techniques A total of 13 typical black-streaked dwarf rice disease samples representingecological zonesin Vietnam were subjected for viral total dsRNA isolation using cellulose CF11 column. Analysis of extracted dsRNAs revealed 7 linear segments, which were similar to the electrophoretic profile of Southern blackstreaked dwarf virus (SRBSDV). S7, S9 and S10 segments corresponding to the , and kb fragments respectively from 1% agarose gel were excised and passed through gel extraction using primer pairs matched to both 3’ and 5’ ends sequence of S7, S9 and S10 segments of China isolates (EU523360, EU784840) resulted in amplification of S7, S9 and S10 segment cDNA products. RTPCR products were cloned into vector using CloneJET™ PCR Cloning Kit and the complete nucleotide sequence of S7, S9 and S10 segments were obtained by automatic sequencer. Blast searches indicated that these S10 segments shares 98 - 99% nucleotide identities with S10 sequence of SRBSDV in Genebank ().UsingBioEdit, Blast, , softwares for phylogentic trees based on Vietnam and China S10 nucleotide sequences showed that theviralisolates ofVietnamand Chinaare divided at least into threedistinct groups with boostrapvalue of 99%. Among Vietnamese isolates, group 1 consists of 4 samples collected in the Red River Delta (Nam Dinh, Ninh Binh, Thai Binh) and 2 samples collected in the northern mountainous provinces (Son La, Lao Cai); group 2 consists of 4 samples collected in central region (Quang Tri, Hue), 1 sample collected in Son La and 1 sample collected in the Thai Binh; Group 3 consists of only one sample collected in .