Nghiên cứu này khảo sát khả năng gắn kết in silico của các chất trên các đích tác động của virus Variola nhằm hướng đến việc tìm ra thuốc mới có tiềm năng ức chế virus Variola. | Khảo sát khả năng gắn kết in silico của các chất trên virus Variola Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 2 * 2019 Nghiên cứu Y học KHẢO SÁT KHẢ NĂNG GẮN KẾT IN SILICO CỦA CÁC CHẤT TRÊN VIRUS VARIOLA Lưu Vĩnh Phong*, Đinh Thị Oanh*, Nguyễn Thụy Việt Phương* TÓMTẮT Mở đầu và mục tiêu: Đậu mùa là bệnh truyền nhiễm trên người, do virus Variola gây ra. Trong những năm gần đây, đậu mùa xuất hiện trở lại và đã được xem như một vũ khí sinh học nguy hiểm nhất. Tuy nhiên, hiện chưa có thuốc điều trị đặc hiệu cho virus và phải phụ thuộc vào vaccin đậu mùa. Nghiên cứu này khảo sát khả năng gắn kết in silico của các chất trên các đích tác động của virus Variola nhằm hướng đến việc tìm ra thuốc mới có tiềm năng ức chế virus Variola. Đối tượng - Phương pháp nghiên cứu: Đích tác động là protein H1 phosphatase và thymidylate kinase (VarTMK) của virus Variola. Ligand khảo sát là các thuốc kháng virus được lấy từ cơ sở dữ liệu thuốc. Cấu trúc của H1 phosphatase (PDB id: 2P4D) được tải từ ngân hàng dữ liệu protein. Cấu trúc của VarTMK chưa có nên được xây dựng mô hình tương đồng với protein mẫu là thymidylat kinase của virus Vaccinia sử dụng Swiss-Model. Tất cả các ligand được khảo sát khả năng gắn kết thông qua docking trên 2 protein mục tiêu bằng phần mềm Autodock Vina. Kết quả: Các chất khảo sát đều gắn tốt trên protein mục tiêu, với năng lượng gắn kết khoảng -2,5 đến - 8,8 (protein H1 phosphatase) và -3,5 đến -10,6 (VarTMK với mô hình tương đồng được xây dựng đạt). Kết hợp phân tích tương tác giữa ligand và protein đích chọn ra được thuốc kháng virus Variola tiềm năng là Raltegravir (-10,6 ). Kết luận: Nghiên cứu cung cấp thông tin hữu ích cho khám phá thuốc mới điều trị bệnh đậu mùa. Từ khóa: bệnh đậu mùa, virus Variola, molecular docking, H1 phosphatase, thymidylate kinase. ABSTRACT IN SILICO LIGAND BINDING AFFINITY AS INHIBITORS FOR VARIOLA VIRUS Luu Vinh Phong, Dinh Thi Oanh, Nguyen Thuy
