Mô hình QSAR được sử dụng để phát triển các mô hình dự đoán và thiết kế các chất ức chế HDAC6 mới. Mô hình docking phân tử được áp dụng để dự đoán khả năng tương tác giữa các chất ức chế HDAC6 với vùng xúc tác của HDAC6. | Nghiên cứu mô hình QSAR và mô hình mô tả phân tử docking của các chất ức chế enzym Histon Deacetylase 6 Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 2 * 2019 Nghiên cứu Y học NGHIÊN CỨU MÔ HÌNH QSAR VÀ MÔ HÌNH MÔ TẢ PHÂN TỬ DOCKING CỦA CÁC CHẤT ỨC CHẾ ENZYM HISTON DEACETYLASE 6 Thái Khắc Minh*, Võ Thị Minh Nguyên*, Lê Minh Trí* TÓMTẮT Mở đầu: Histondeacetylase 6 (HDAC6) là enzym thuộc nhóm IIAC HDAC. Hoạt động của HDAC6 có liên quan đến nhiều loại bệnh ung thư, Alzheimer, Parkinson và các bệnh tự miễn HDAC6 là mục tiêu tiềm năng cho việc phát triển thuốc điều trị ung thư mới. Mục tiêu: Mô hình QSAR được sử dụng để phát triển các mô hình dự đoán và thiết kế các chất ức chế HDAC6 mới. Mô hình docking phân tử được áp dụng để dự đoán khả năng tương tác giữa các chất ức chế HDAC6 với vùng xúc tác của HDAC6. Đối tượng - Phương pháp nghiên cứu: Tổng cộng 268 chất có hoạt tính ức chế in vitro HDAC6 được thu thập và xây dựng mô hình QSAR, QSAR nhị phân (BQSAR) sử dụng phần mềm MOE. Hệ thống trực tuyến I-TASSER được sử dụng để tạo cấu trúc tương đồng của hai miền xúc tác CD I và CD II của HDAC6. Quá trình docking được tiến hành bằng FlexX/ LeadIT. Kết quả docking được phân tích dựa trên điểm số docking và mô hình tương tác. Kết quả: Mô hình QSAR 2D dựa trên 7 thông số mô tả trên 268 chất có kết quả R2 = 0,4 < 0,5 và RMSE = 0,9 > 0,5; kết quả này không đạt được cho một mô hình dự đoán tốt. Đối với 174 dẫn xuất hydroxamic, mô hình 2D QSAR với 7 thông số mô tả phân tử thu được R2 = 0,71 và RMSE = 0,58. Ba mô hình BQSAR dựa trên 7 thông số mô tả trên 268 chất được xây dựng và kết quả với giá trị chính xác lần lượt là 0,83; 0,84; 0,89 cho ngưỡng giá trị hoạt tính sinh học IC50 là 0,01 μM; 0,1 μM; 1 μM. Kết quả docking phân tử cho thấy khả năng gắn kết tốt của chất ức chế HDAC6 là vào vị trí gắn kết trên cấu trúc tương đồng của hai CD xúc tác I và CD II của HDAC6. Ion Zn2+ và các acid amin như Phe283, Trp284, Pro353, Tyr386 .
