Hệ vi khuẩn đường ruột là một hệ sinh thái phức tạp có liên quan tới nhiều chức năng của cơ thể vật chủ. Sự ổn định của hệ vi khuẩn đường ruột đóng góp vào sự ổn định về sức khoẻ và sức đề kháng của vật chủ. Nhiều nghiên cứu đã được xây dựng để tìm hiểu hệ vi khuẩn đường ruột dựa trên các phương pháp nuôi cấy và điện di biến tính truyền thống nhưng chưa đem lại hiệu quả. Nhằm khắc phục những hạn chế còn tồn tại, phương pháp giải trình tự thế hệ mới dựa trên vùng gen 16S rRNA (Metabarcoding) đã được phát triển. | So sánh cấu trúc hệ vi khuẩn đường ruột của tôm thẻ chân trắng (Litopenaeus vannamei) giữa tôm khoẻ mạnh và tôm bị bệnh tại Sóc Trăng, Việt Nam Tạp chí Công nghệ Sinh học 16(3): 543–551, 2018 SO SÁNH CẤU TRÚC HỆ VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT CỦA TÔM THẺ CHÂN TRẮNG (LITOPENAEUS VANNAMEI) GIỮA TÔM KHOẺ MẠNH VÀ TÔM BỊ BỆNH TẠI SÓC TRĂNG, VIỆT NAM Trần Trung Thành1,2,3, Nathan Bott2, Lê Hoàng Đức1,3, Đặng Thị Hoàng Oanh4, Nguyễn Trung Nam1,3, Chu Hoàng Hà1,3, * 1 Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 2 Đại học RMIT, Australia 3 Học viện Khoa học và Công nghệ, Viện Hàn Lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 4 Đại học Cần Thơ * Người chịu trách nhiệm liên lạc. E-mail: chuhoangha@ Ngày nhận bài: Ngày nhận đăng: TÓM TẮT Hệ vi khuẩn đường ruột là một hệ sinh thái phức tạp có liên quan tới nhiều chức năng của cơ thể vật chủ. Sự ổn định của hệ vi khuẩn đường ruột đóng góp vào sự ổn định về sức khoẻ và sức đề kháng của vật chủ. Nhiều nghiên cứu đã được xây dựng để tìm hiểu hệ vi khuẩn đường ruột dựa trên các phương pháp nuôi cấy và điện di biến tính truyền thống nhưng chưa đem lại hiệu quả. Nhằm khắc phục những hạn chế còn tồn tại, phương pháp giải trình tự thế hệ mới dựa trên vùng gen 16S rRNA (Metabarcoding) đã được phát triển. Từ kết quả so sánh trình tự gen 16S rRNA của các mẫu ruột tôm thu được tại các đầm nuôi tôm thẻ chân trắng (Litopenaeus vannamei) và nhóm đối chứng là một mẫu ruột tôm thu tại đầm nuôi tôm sú (Penaeus monodon) (ST-PM) và một mẫu mô cơ của tôm thẻ chân trắng (Mô cơ) với ngân hàng cơ sở dữ liệu (16S rRNA) Green genes, thành phần vi khuẩn trong ruột tôm các đầm nuôi tôm thẻ chân trắng đã được làm sáng tỏ. Các ngành chiếm ưu thế bao gồm Proteobacteria (49,3–57,4%), Firmicutes (15,6–34,4%), Bacteroidetes (0,1–16,9%) trên tổng số toàn bộ các ngành có trong các mẫu ruột tôm thẻ chân trắng nghiên cứu. Rhizobium (0,4–26,1%), Vibrio (0–22,3%), .
