U nguyên bào thần kinh (UNBTK) là khối u đặc phổ biến ở trẻ dưới 15 tuổi, được hình thành từ các tế bào thần kinh sơ khai thuộc mô thần kinh giao cảm. Bệnh lý chiếm 7% các loại ung thư ở trẻ em và khoảng 15% các ca tử vong do ung thư ở trẻ em. | Làm giàu trình tự toàn bộ exon của gen ARID1B trong u nguyên bào thần kinh Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 20 * Số 1 * 2016 LÀM GIÀU TRÌNH TỰ TOÀN BỘ EXON CỦA GEN ARID1B TRONG U NGUYÊN BÀO THẦN KINH Lê Võ Hồng Ngọc*, Nguyễn Thị Dung , Đỗ Thị Thu Hằng**, Hồ Trần Bản***, Bùi Chí Bảo**** TÓM TẮT Mở đầu: U nguyên bào thần kinh (UNBTK) là khối u đặc phổ biến ở trẻ dưới 15 tuổi, được hình thành từ các tế bào thần kinh sơ khai thuộc mô thần kinh giao cảm. Bệnh lý chiếm 7% các loại ung thư ở trẻ em và khoảng 15% các ca tử vong do ung thư ở trẻ em. Ngoài các đột biến trên gen hay thay đổi cấu trúc nhiễm sắc thể đã biết, những nghiên cứu mới gần đây về giải trình tự gen thế hệ mới cho thấy các đột biến thuộc ngoại di truyền (epigenetics) có vai trò quan trọng đến diễn tiến của bệnh, nổi bật là các đột biến trên gen ARID1B. ARID1B có vai trò như nhân tố phiên mã trong phức hợp SWI/SNF tái cấu trúc nhiễm sắc chất (chromatin remodeling). Tuy nhiên, mối quan hệ giữa UNBTK và ARID1B vẫn chưa được hiểu rõ. Trong nghiên cứu này, chúng tôi bước đầu tối ưu quy trình thu nhận 20 exon của gen ARID1B ở các bệnh nhân UNBTK dựa vào phương pháp PCR. Đây là bước quan trọng cho giải trình tự đột biến ARID1B ở các bệnh nhân UNBTK. Mục tiêu: Làm giàu sản phẩm toàn bộ exon của gen ARID1B nhằm thực hiện cho giải trình tự thế hệ mới ở các bệnh nhân UNBTK. Phương pháp: Khảo sát mồi in silico, khảo sát điều kiện bắt cặp và điều kiện PCR cho từng exon của gen ARID1B. Mẫu bệnh là khối u của bệnh nhân UNBTK thu nhận từ bệnh viện Nhi đồng II . Mẫu được tiến hành phân loại nhóm mô (>50% tế bào nhỏ đặc trưng UNBTK sẽ được thu nhận), tách chiết DNA, PCR khuếch đại toàn bộ exon của ARID1B. Một số sản phẩm PCR được giải trình tự Sanger để kiểm chứng. Kết quả: Thu nhận được sản phẩm của 19 exon trong tổng số 20 exon của gen ARID1B, trong đó exon 1 giàu GC nên sản phẩm PCR chưa đặc hiệu. Kết quả giải trình tự trên 3 mẫu bệnh nhân .
