Phân loại các chủng vi khuẩn Bacillus bằng phương pháp phân tích trình tự Nucleotit của gien 16S-ARN

Bài viết trình bày sử dụng phương pháp phân loại truyền thống, các nhà khoa học còn kết hợp với phương pháp sinh học phân tử, phân tích trình tự của gien 16S-ARN. | Phân loại các chủng vi khuẩn Bacillus bằng phương pháp phân tích trình tự Nucleotit của gien 16S-ARN 28(1): 63-67 T¹p chÝ Sinh häc 3-2006 ph©n lo¹i c¸c chñng vi khuÈn Bacillus b»ng ph−¬ng ph¸p ph©n tÝch tr×nh tù nucleotit cña gien 16s-ARN T¨ng ThÞ ChÝnh ViÖn C«ng nghÖ m«i tr−êng Tr−íc nh÷ng n¨m 90 cña thÕ kû XX, c¸c b. Nh©n ®o¹n gien 16S-ARN b»ng kü thuËt PCR chñng vi khuÈn(VK) ®−îc ph©n lo¹i chñ yÕu §o¹n gien 16S-ARN cña c¸c chñng Bacillus b»ng c¸c khãa ph©n lo¹i vi sinh vËt truyÒn thèng (khãa ph©n lo¹i cña Bergey’s manual); ng−êi ta ®−îc nh©n b»ng kü thuËt PCR nhê sö dông cÆp dùa vµo c¸c ®Æc ®iÓm h×nh th¸i cña khuÈn l¹c vµ måi ®Æc hiÖu cã tr×nh tù nh− sau: tÕ bµo, c¸c ®Æc ®iÓm sinh lý sinh hãa, kh¶ n¨ng Måi xu«i GF1: 5’-TAACACATGGAAGTC- sö dông c¸c nguån ®−êng cña c¸c chñng VK ®Ó GAACG-3’. ph©n lo¹i. Tuy nhiªn, viÖc ph©n lo¹i b»ng Måi ng−îc GR1: 5’-GGTGTGACGGGC- ph−¬ng ph¸p nµy ®«i khi kh«ng chÝnh x¸c, ®Æc GGTCTGTACAAG-3’. biÖt lµ khi ph©n lo¹i c¸c chñng VK ®Õn loµi. V× c¸c chñng vi sinh vËt cïng nhãm th−êng cã rÊt PCR ®−îc thùc hiÖn víi chu tr×nh nhiÖt nh− nhiÒu ®Æc ®iÓm gièng nhau. V× vËy, ngµy nay, sau: 94°C: 5’, (94°C: 1’, 55°C: 45’’, 72°C: 1’’) lÆp ngoµi viÖc sö dông ph−¬ng ph¸p ph©n lo¹i l¹i 30 chu kú; 72°C: 8’. S¶n phÈm PCR ®−îc b¶o truyÒn thèng, c¸c nhµ khoa häc cßn kÕt hîp víi qu¶n ë 4°C vµ ®−îc kiÓm tra b»ng ®iÖn di trªn gel ph−¬ng ph¸p sinh häc ph©n tö, ph©n tÝch tr×nh tù agaroza 1%, nhuém b¶n gel víi ethidium bromit cña gien 16S-ARN ®Ó ph©n lo¹i. vµ xem ®iÖn di ®å d−íi ¸nh s¸ng cña ®Ìn cùc tÝm. Plasmit pGEM-T* ®−îc më vßng b»ng I. ph−¬nng ph¸p nghiªn cøu enzym EcoRI, ®iÓm c¾t cña enzym EcoRI sÏ më vßng plasmit ®Ó g¾n ADN. 1. Vi sinh vËt C¸c kü thuËt t¸i tæ hîp vµ t¸ch chiÕt ADN Chñng XL1-Blue, plasmit PGEM-T* plasmit ®−îc tiÕn hµnh theo Sambrook vµ cs. [6]. vect¬ mua cña h]ng Promega, Mü. ViÖc x¸c ®Þnh tr×nh tù cña gien ®−îc tiÕn 2. Hãa chÊt hµnh theo ph−¬ng ph¸p chu kú nhiÖt cña h]ng .