Porcine circovirus type 2 (PCV2) là tác nhân liên quan đến nhiều bệnh, gây thiệt hại nghiêm trọng trong chăn nuôi heo. PCV2 có tốc độ thay thế nucleotide nhanh tạo điều kiện để virus tiến hóa và xuất hiện các genotype mới. Sự lưu hành và biến đổi của các genotype PCV2 ở Việt Nam được đánh giá qua việc giải trình tự nucleotide toàn bộ ORF2 của 48 chủng PCV2 phân lập thực địa từ 13 tỉnh/thành, Việt Nam trong giai đoạn từ năm 2007 đến năm 2016, phân tích cây di truyền và so sánh mức tương đồng với các chủng PCV2 tham khảo ở Việt Nam và trên thế giới. | Phân tích đặc điểm di truyền ORF2 của Porcine Cirovirus type 2 (PCV2) thu thập ở một số tỉnh/thành Việt Nam trong giai đoạn từ 2007 đến 2016 KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXV SỐ 3 - 2018 PHAÂN TÍCH ÑAËC ÑIEÅM DI TRUYEÀN ORF2 CUÛA PORCINE CIRCOVIRUS TYPE 2 (PCV2) THU THAÄP ÔÛ MOÄT SOÁ TÆNH/THAØNH VIEÄT NAM TRONG GIAI ÑOAÏN TÖØ 2007 ÑEÁN 2016 Lê Thị Thu Phương1, Nguyễn Ngọc Hải2, Nguyễn Thị Thu Hồng1, Quách Võ Ngôn , Nguyễn Ngọc Hồng Phúc1, Trần Xuân Hạnh1, Nguyễn Văn Dung1 1 TÓM TẮT Porcine circovirus type 2 (PCV2) là tác nhân liên quan đến nhiều bệnh, gây thiệt hại nghiêm trọng trong chăn nuôi heo. PCV2 có tốc độ thay thế nucleotide nhanh tạo điều kiện để virus tiến hóa và xuất hiện các genotype mới. Sự lưu hành và biến đổi của các genotype PCV2 ở Việt Nam được đánh giá qua việc giải trình tự nucleotide toàn bộ ORF2 của 48 chủng PCV2 phân lập thực địa từ 13 tỉnh/thành, Việt Nam trong giai đoạn từ năm 2007 đến năm 2016, phân tích cây di truyền và so sánh mức tương đồng với các chủng PCV2 tham khảo ở Việt Nam và trên thế giới. Kết quả phân tích cho thấy, có sự lưu hành đồng thời của các genotype PCV2b, PCV2d và nhóm tái tổ hợp, trong đó phổ biến nhất là PCV2b (24/48), cùng với sự xuất hiện và ngày càng phổ biến của PCV2d (16/48), đặc biệt là PCV2d2 (15/16). Các phân lập PCV2 xếp trong cùng genotype có mức độ tương đồng về nucleotide là khá cao, từ 98,7% - 100% đối với PCV2b, từ 98,5 – 100% đối với PCV2d2 và từ 98,7% đến 100% đối với nhóm PCV2 tái tổ hợp. Khoảng cách di truyền giữa các genotype là khá cao, biến động từ 0,0595 ± 0,0096 đến 0,0663 ± 0,0102. Ngoài ra, có sự biến đổi genotype theo thời gian xảy ra ở mức độ trang trại. Kết quả này góp phần làm rõ hơn về dịch tễ học của PCV2 ở Việt Nam. Từ khóa: PCV2, ORF2, genotype, cây di truyền, Việt Nam. Genetic characteristic analysis of ORF2 of Porcine circovirus type 2 (PCV2) in some provinces, Viet Nam, in the period 2007 - 2016 Le Thi Thu Phuong, Nguyen Ngoc .
