Nghiên cứu phân tích trình tự gen E của virut viêm não Nhật Bản chủng CTMP-7 phân lập từ muỗi tại thành phố Cần Thơ, đồng thời tìm hiểu mối quan hệ di truyền giữa chủng CTMP-7 với 52 chủng virut VNNB tham chiếu phân lập tại Việt Nam và một số nước Châu Á. | Phân tích di truyền của virut viêm não Nhật Bản chủng CTMP-7 Phân tích di truyền của virut viêm não Nhật Bản chủng CTMP-7 Hồ Thị Việt Thu1 Phan Thị Ngà2 Tóm tắt Nghiên cứu phân tích trình tự gen E của virut viêm não Nhật Bản chủng CTMP-7 phân lập từ muỗi tại thành phố Cần Thơ đồng thời tìm hiểu mối quan hệ di truyền giữa chủng CTMP-7 với 52 chủng virut VNNB tham chiếu phân lập tại Việt Nam và một số nước Châu Á. Kết quả nghiên cứu cho thấy virut VNNB chủng CTMP-7 thuộc genotype 1 có mức độ tương đồng cao 94-96 với các chủng LAH-2097- 05 và LA-H07-05 Long An chủng VN22 miền Bắc Việt Nam chủng JE-KK-116 Thái Lan chủng M859 Campuchia chủng SC04-17 Trung Quốc JaNar17-07 và JEV-254 Nhật Bản tính tương đồng thấp hơn ở mức 87 với chủng RFVL Nhật Bản và 84 với chủng JKT9092 Indonesia nhưng không có biến đổi lớn về trình tự amino acid 6 . Từ khóa Virut VNNB Chủng CTMP-7 Gen E Giải trình tự Phân tích quan hệ di truyền Phylogenetic analysis of Japanese encephalitis virus strain CTMP-7 Ho Thi Viet Thu Phan Thi Nga Summary Envelope E gene of Japanese encephalitis virus isolated from mosquito in Can Tho province strain CTMP-7 was sequenced and compared with published E gene sequences of 52 strains of JEV isolated before in Vietnam and some countries of Asia. Established phylogenetic tree showed that this virus belonged to genotype I. Pairwise comparisons of the E gene nucleotide and deduced amino acid sequences between JEV CTMP-7 with certain isolates in Vietnam and some countries in Asia indicated that it had 94-96 similarity with LAH-2097- 05 and LA-H07-05 in Long An province VN22 strains in the North of Vietnam JE-KK-1116 strain in Thailand SC04-17 strain in China JaNar17-07 and JEV-254 strain in Japan . The nucleotide sequence of CTMP-7 strain had only 87 similarity with RFVL strain Japan and 84 similarity with JKT9092 strain but there were not much divergence in amino acid sequence 6 . Keywords JEV CTMP-7 strain Gen E Nucleotide sequencing Phylogenetic analysis I. ĐẶT VẤN
