Mục tiêu của bài học: Có khả năng tìm kiếm được những trình tự sinh học như DNA, RNA, Protein; đăng lí những trình tự đã nghiên cứu được lên cơ sở dữ liệu sinh học bằng phần mềm Sequin. Nguyên tắc trong giải trình tự: phương pháp Sanger: là phương pháp dựa trên sự tổng hợp gián đoạn DNA; Dựa theo phương pháp này chúng ta có thể xác định được trình tự nucleotide của DNA hay RNA () | TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC VÀ ĐĂNG KÝ TRÌNH TỰ TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆU Mục tiêu của bài học Có khả tìm kiếm được những trình tự sinh học như DNA, RNA, Protein. Đăng ký những trình tự đã nghiên cứu được lên Cơ sở dữ liệu sinh học bằng phần mềm Sequin. Tìm kiếm trình tự sinh học Nguyên tắc trong giải trình tự Phương pháp Sanger: là phương pháp dựa trên sự tổng hợp gián đoạn DNA. Dựa theo phương pháp này chúng ta có thể xác định được trình tự nucleotide của DNA hay RNA (ATGC TTT) Tìm kiếm trình tự sinh học Nhiễm sắc thể, DNA, Gene, Nucleotide Giới thiệu môn học Gửi trình tự lên Genebank của NCBI Trình tự đã giải Giới thiệu môn học Đưa vào cơ sở dữ liệu sinh học: -NCBI - Các cơ sở dữ liệu khác Sequin Nguyên tắc tìm kiếm trình tự sau khi đã giải trình tự bằng từ khóa: cụ tìm kiếm -Mã số truy cập -Tên (gene hay Protein) -GI -Độ dài trình tự -Trọng lượng phân tử -Tên tác giả giải trình tự 3. Lọc trình tự Tìm kiếm trình tự sinh học Kết quả cần tìm Tìm kiếm trình tự sinh học Tìm kiếm trình tự sinh học qua NCBI Click Tìm kiếm trình tự sinh học Tìm kiếm trình tự DNA Tìm kiếm trình tự qua mã số truy cập Tìm kiếm trình tự sinh học Mã số truy cập của một trình tự là mã số do các nhà quản trị CSDLSH đặt cho một trình tự, thường có dạng : 8 ký tự : 2 chữ và 6 số ví dụ như AY690640 6 ký tự : 1 chữ và 5 số ví dụ như U20068 TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC QUA MÃ SỐ TRUY CẬP Tìm kiếm trình tự sinh học Kết quả tìm trình tự DNA qua mã số truy cập Giới thiệu môn học Tìm kiếm trình tự sinh học Tìm kiếm trình tự qua tên gene Tìm kiếm trình tự sinh học Cách lấy trình tự theo định dang FASTA Giới thiệu môn học Định dạng FASTA FASTA là một giải thuật bắt cặp trình tự được David J. Lipman và William R. Pearson miêu tả lần đầu tiên vào năm 1985 (Rapid and sensitive protein similarity searches). Nhiều phần mềm tin sinh học cần dữ liệu trình tự gene hoặc protein theo kiểu định dạng . | TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC VÀ ĐĂNG KÝ TRÌNH TỰ TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆU Mục tiêu của bài học Có khả tìm kiếm được những trình tự sinh học như DNA, RNA, Protein. Đăng ký những trình tự đã nghiên cứu được lên Cơ sở dữ liệu sinh học bằng phần mềm Sequin. Tìm kiếm trình tự sinh học Nguyên tắc trong giải trình tự Phương pháp Sanger: là phương pháp dựa trên sự tổng hợp gián đoạn DNA. Dựa theo phương pháp này chúng ta có thể xác định được trình tự nucleotide của DNA hay RNA (ATGC TTT) Tìm kiếm trình tự sinh học Nhiễm sắc thể, DNA, Gene, Nucleotide Giới thiệu môn học Gửi trình tự lên Genebank của NCBI Trình tự đã giải Giới thiệu môn học Đưa vào cơ sở dữ liệu sinh học: -NCBI - Các cơ sở dữ liệu khác Sequin Nguyên tắc tìm kiếm trình tự sau khi đã giải trình tự bằng từ khóa: cụ tìm kiếm -Mã số truy cập -Tên (gene hay Protein) -GI -Độ dài trình tự -Trọng lượng phân tử -Tên tác giả giải trình tự 3. Lọc trình tự Tìm kiếm trình tự sinh học Kết quả cần
