Bài viết định hướng sử dụng công cụ sinh học phân tử đánh giá và phân tích đa dạng cộng đồng vi sinh vật trong điều kiện môi trường sống ảnh hưởng sự biến đổi khí hậu ngày càng phức tạp làm tiền đề cho các nghiên cứu khác. | Phân tích cộng đồng vi khuẩn trong rơm rạ trước và sau ủ bằng kỹ thuật PCR-DGGE và tạo dòng Tạp chí Công nghệ Sinh học 18 1 177-186 2020 PHÂN TÍCH CỘNG ĐỒNG VI KHUẨN TRONG RƠM RẠ TRƯỚC VÀ SAU Ủ BẰNG KỸ THUẬT PCR-DGGE VÀ TẠO DÒNG Ngô Đức Duy Nguyễn Hoàng Dũng Hoàng Quốc Khánh Viện Sinh học nhiệt đới ITB Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam VAST Người chịu trách nhiệm liên lạc. E-mail ngoduy007itb@ Ngày nhận bài Ngày nhận đăng TÓM TẮT Sử dụng kỹ thuật PCR-DGGE Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gel Gradient Eletrophoresis phân tích cộng đồng vi khuẩn dựa trên đoạn gen V3 từ mẫu Rơm trước ủ R và mẫu Rơm sau ủ Rn . Bên cạnh đó kết hợp với phương pháp tạo dòng Cloning phân tích mẫu Rn và so sánh kết quả phân tích cộng đồng vi khuẩn với phương pháp PCR-DGGE cho kết quả tương tự đó là mục tiêu chính trong nghiên cứu này. Kết quả thu nhận từ kỹ thuật PCR-DGGE của mẫu R có 5 đoạn gen V3 R1 R2 R3 R4 và R5 và còn mẫu Rn có 4 đoạn gen V3 Rn1 Rn2 Rn3 và Rn4 . So sánh nhóm vi khuẩn ở mẫu R và Rn cho thấy sự đa dạng vi khuẩn trong mẫu R gồm các dòng Agrobacterium Clostridium Bacteroidetes Thermopolysporasa và Bacillus. Nhưng trong mẫu sau ủ thì kết quả vi khuẩn còn lại 2 dòng chính là Agrobacterium và Clostridium. Tiếp tục sử dụng phương pháp tạo dòng từ mẫu Rn cũng cho 4 vị trí và kích thước phân đoạn gen tương ứng vị trí của Rn1 Rn2 Rn3 và Rn4 từ đại diện khoảng 30 mẫu gen thu nhận từ sản phẩm tạo dòng. Kết quả so sánh mức độ tương đồng trình tự các đoạn gen V3 từ hai phương pháp với các cơ sử dữ liệu có trên ngân hàng gen NCBI kết quả gen Rn1 và Rn4 tương đồng với chi Agrobacterium khoảng 96 gen Rn2 và Rn3 cũng tương đồng với chi Clostridium khoảng 99 . Tóm lại kết quả phân tích cộng đồng vi khuẩn trong mẫu R cho thấy sự đa dạng vi khuẩn nhưng ít ổn định hơn so với mẫu Rn. Ngoài ra kỹ thuật tạo dòng và PCR-DGGE cho kết quả tương tự nhau trên mẫu Rn. Từ khóa Cộng đồng vi khuẩn gel acrylamide PCR-DGGE rơm rạ tạo dòng MỞ ĐẦU được ứng dụng .
