Nghiên cứu này nhằm xác định và phân tích họ gene HSP90 ở cây đu đủ bằng phương pháp tin sinh học. Bảy gene HSP90 đã được xác định ở trong hệ gene của cây đu đủ (Carica papaya L.) nhờ sử dụng các phương pháp nghiên cứu tin sinh học. | HNUE JOURNAL OF SCIENCE DOI Natural Sciences 2021 Volume 66 Issue 4F pp. 196-204 This paper is available online at http XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH CÁC GENE HSP90 Ở CÂY ĐU ĐỦ Carica papaya L. BẰNG PHƢƠNG PHÁP TIN SINH HỌC Lê Thị Mận1 Nguyễn Quốc Nam2 Trần Thị Thanh Huyền3 La Việt Hồng4 và Cao Phi Bằng1 Khoa Khoa học Tự nhiên Trường Đại học Hùng Vương 1 2 Trường Trung học Cơ sở Kim Đức 3 Khoa Sinh học Trường Đại học Sư phạm Hà Nội 4 Khoa Sinh - Kĩ thuật Nông nghiệp Trường Đại học Sư phạm Hà Nội 2 Tóm tắt. Họ gene HSP90 đã được chứng minh có vai trò quan trọng đối với khả năng chống chịu cũng như sự phát triển của thực vật. Đu đủ là cây ăn quả có giá trị dinh dưỡng cao nguồn gốc nhiệt đới nhưng hiện nay được trồng rộng rãi ở nhiều vùng cận nhiệt đới trên thế giới. Vì vậy cây đu đủ phải đối mặt với nhiều tác nhân của môi trường trong quá trình sống. Nghiên cứu này nhằm xác định và phân tích họ gene HSP90 ở cây đu đủ bằng phương pháp tin sinh học. Bảy gene HSP90 đã được xác định ở trong hệ gene của cây đu đủ Carica papaya L. nhờ sử dụng các phương pháp nghiên cứu tin sinh học. Các gen HSP90 của cây đu đủ có kích thước từ 2650 tới 8136 nucleotide mã hóa không liên tục số lượng intron từ 2 đến 19. Các protein suy diễn có kích thước từ 348 tới 796 amino acid khối lượng phân tử nằm trong khoảng 39 92 kDa tới 90 61 kDa. Trong số bảy HSP90 CpHSP90-1 và CpHSP90-4 được coi là các gene giả pseudogene do kích thước của chúng bé hơn so với các HSP90 thông thường và protein thiếu vùng bảo tồn HATPase_c. Các protein suy diễn có tính acid với pI dao động từ 4 69 đến 5 42 ngoại trừ CpHSP90-1 pI 7 03 . Căn cứ vào kết quả phân tích cấu trúc vị trí khu trú dưới tế bào và cây phả hệ các HSP90 của cây đu đủ được phân chia thành hai nhóm nhóm I HSP90 tế bào chất gồm 4 protein và nhóm II HSP90 bào quan gồm 2 protein . Phân tích dữ liệu RNA-seq cho thấy rằng các HSP90 của cây đu đủ có sự biểu hiện khác nhau ở các loại mô cơ quan khác nhau ở các giai .
