Mục tiêu của nghiên cứu này nhằm khai thác mức độ biểu hiện của 52 gen mã hóa MRP chưa rõ chức năng ở sắn dựa trên việc tái phân tích các dữ liệu microarray trong điều kiện xử lý stress phi sinh học. | Tạp chí Khoa học và Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam - Số Chuyên đề dành cho Đoàn thanh niên VAAS 133 2022 ĐÁNH GIÁ MỨC ĐỘ BIỂU HIỆN GEN VÀ XÂY DỰNG MÔ HÌNH CẤU TRÚC KHÔNG GIAN CỦA PROTEIN GIÀU METHIONINE Ở CÂY SẮN BẰNG CÔNG CỤ TIN SINH HỌC Nguyễn Hữu Kiên1 Tạ ị Diệu Linh1 Chu Đức Hà2 Nguyễn Hà My3 La Việt Hồng3 Lê ị Ngọc Quỳnh4 Nguyễn Quỳnh Anh5 Bùi ị u Hương 5 Đồng Huy Giới5 TÓM TẮT ực vật cần điều kiện môi trường tối ưu để sinh trưởng và phát triển nên cũng là nhóm bị chịu ảnh hưởng nhiều nhất bởi các stress phi sinh học như nóng lạnh mặn hạn hán và lũ lụt. Trong đó các protein giàu methionine MRP là một trong những phân tử dễ bị ảnh hưởng bởi những stress phi sinh học này. Ở nghiên cứu này các gen mã hóa 52 MRP chưa rõ chức năng trên đối tượng cây sắn Mahibot esculenta giống mô hình KU50 có mức độ biểu hiện khác nhau ở các dữ liệu RNA-Seq trong điều kiện xử lý mặn hạn thiếu hụt dinh dưỡng và xử lý polyethylene glycol 6000. Kết quả đã xác định được tổng số 28 gen mã hóa MRP chưa rõ chức năng nhưng có mức độ biểu hiện đáp ứng trong ít nhất một điều kiện xử lý bất lợi fold-change 2 . được xác định là gen đáp ứng trong tất cả các điều kiện stress phi sinh học trong khi và là hai gen có đáp ứng tăng 41 3-lần và giảm mạnh nhất -82 3-lần ở lá khi xử lý hạn. Phân tích cho thấy rất nhiều các yếu tố điều hòa cis- cảm ứng hormone đặc biệt là yếu tố đáp ứng abscisic acid jasmonic acid và ethylene đã được tìm thấy trên vùng promoter của 28 gen đáp ứng bất lợi. Xây dựng mô hình 3D cho thấy các MRP chủ yếu được cấu tạo từ các dạng xoắn alpha kết hợp với nếp gấp beta. Tóm lại kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những dẫn liệu quan trọng nhằm đề xuất ra các gen ứng viên cho phân tích chức năng gen liên quan đến chống chịu stress phi sinh học ở cây sắn. Từ khóa Protein giàu methionine cây sắn biểu hiện stress phi sinh học tin sinh học I. ĐẶT VẤN ĐỀ chìa khóa để hướng đến canh tác bền vững thích Ở Việt Nam canh tác nông nghiệp đang
