Bài viết Ứng dụng công cụ tin sinh AMROMICS vào phân tích tự động dữ liệu giải trình tự toàn bộ hệ gen vi khuẩn nghiên cứu kết quả bước đầu ứng dụng công cụ tin sinh AMROMICS trong phân tích tự động hệ gen của vi khuẩn kháng kháng sinh. | TẠP CHÍ Y DƯỢC LÂM SÀNG 108 Tập 17 - Số 5 2022 DOI Ứng dụng công cụ tin sinh AMROMICS vào phân tích tự động dữ liệu giải trình tự toàn bộ hệ gen vi khuẩn Application of AMROMICS bioinformatics tool to automatic analysis of bacterial whole genome sequencing data Nguyễn Thị Ngọc Anh Hoàng Thu Trang Viện NC Y Dược học QS Học viện Quân y Lê Phương Thảo Quyên Trần Tiến Mạnh Đại học KHTN Đại học Quốc gia Hà Nội Trần Trung Kiên Bùi Đức Nam Học viện Quân y Hoàng Nhật Đức Hồ Hữu Thọ Bệnh viện Quân y 103 Tóm tắt Mục tiêu Nghiên cứu kết quả bước đầu ứng dụng công cụ tin sinh AMROMICS trong phân tích tự động hệ gen của vi khuẩn kháng kháng sinh. Đối tượng và phương pháp Phân tích toàn bộ hệ gen của 14 chủng vi khuẩn E. coli và chủng E. coli K-12 MG1655 được công bố trên cơ sở dữ liệu NCBI bằng công cụ tin sinh AMROMICS. Kết quả Công cụ tự động phân tích toàn bộ hệ gen của 15 mẫu vi khuẩn trong thời gian ngắn cùng lúc đưa ra kết quả về cấu trúc hệ gen kiểu trình tự gen độc lực gen kháng với giao diện đơn giản và dễ sử dụng. Đa số các chủng nghiên cứu có thể là vi khuẩn đa kháng và mang gen kháng với các kháng sinh thông dụng như quinolone và aminoglycoside. Kết luận Công cụ AMROMICS có tiềm năng ứng dụng trong lâm sàng để nhanh chóng xác định gen kháng kháng sinh và gen độc lực của vi khuẩn trên cơ sở đó có thể ứng dụng trong điều trị và kiểm soát nhiễm khuẩn hiệu quả. Từ khóa AMROMICS phân tích giải trình tự toàn bộ hệ gen vi khuẩn kháng kháng sinh. Summary Objective To investigate initially the application of the AMROMICS bioinformatics tool in the automatic analysis of bacterial genomes. Subject and method Whole-genome analysis of 14 E. coli isolates and the standard E. coli K-12 MG1655 strain published on NCBI database using the AMROMICS bioinformatics tool. Result AMROMICS automatically analyzed the entire genome of 15 bacterial samples in a short time and simultaneously showed genome structure sequence type virulence gene and resistance gene with a simple and easy-to-use
