Bài viết Giới thiệu và so sánh công cụ HLAscan và HLAminer cho phân tích HLA từ dữ liệu giải trình tự gen thế hệ mới trình bày đánh giá 02 phần mềm HLAscan và HLAminer trên dữ liệu WES và đối chiếu trong cơ sở dữ liệu (CSDL) IMGT/HLA để tìm ra phương pháp phân tích HLA tối ưu, làm cơ sở để sử dụng tiếp cho các vấn đề nghiên cứu sau này. | TNU Journal of Science and Technology 228 01 270 - 277 REVIEW AND COMPARISON OF HLASCAN AND HLAMINER FOR HLA ANALYSIS OF NGS DATA Tran Thi Bich Ngoc1 Vu Phuong Nhung1 Ma Thi Huyen Thuong1 Nguyen Hai Ha1 2 Nguyen Dang Ton1 2 1Institute of Genome Research VAST 2Graduate University of Science and Technology - VAST ARTICLE INFO ABSTRACT Received 14 10 2022 Human leukocyte antigen HLA an essential factor for a successful organ transplant is related to many human diseases. The recent Revised 04 11 2022 advances in next-generation sequencing technologies NGS have led Published 24 11 2022 to increased bandwidth and throughput as well as reduced cost for genome sequencing. Several HLA typing algorithms and assays have KEYWORDS been developed to take advantage of this new development. However due to the variety and polymorphisms of HLA loci HLA typing is HLA still a challenge even with NGS data. For practical usage of this HLAminer technology in both research and clinical environments it is necessary HLAscan to investigate which software tool could provide better HLA typing results from available sequencing data. We have therefore conducted WES experiments to assess two HLA typing tools HLAscan and IMGT HLA HLAminer on whole exome sequencing data WES . HLAscan predicted 21 HLA genotypes with better accuracy and performance than HLAminer. This result can provide directions for future HLA typing studies on WES data. GIỚI THIỆU VÀ SO SÁNH CÔNG CỤ HLASCAN VÀ HLAMINER CHO PHÂN TÍCH HLA TỪ DỮ LIỆU GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI Trần Thị Bích Ngọc1 Vũ Phương Nhung1 Ma Thị Huyền Thương1 Nguyễn Hải Hà1 2 Nguyễn Đăng Tôn1 2 1Viện Nghiên cứu hệ gen - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 2Học Viện Khoa học và Công nghệ - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam THÔNG TIN BÀI BÁO TÓM TẮT Ngày nhận bài 14 10 2022 Hệ thống phức hợp kháng nguyên bạch cầu người HLA đóng vai trò quan trọng quyết định kết quả của việc cấy ghép nội tạng và có Ngày hoàn thiện 04 11 2022 liên quan đến .
