Có nhiều phương pháp sinh học để xử lý nước thải ô nhiễm. Những năm gần đây, Khoa Công nghệ, trường đại học Cần Thơ đã nghiên cứu thành công phương pháp xử lý nước thải từ ao nuôi cá nước ngọt bằng kỹ thuật đật ngập nước kiến tạo. Mở ra hướng tích cực trong xử lý môi trường do nghề nuôi thủy sản gây ra ở đồng bằng sông Cửu Long.