Các nghiệp vụ thanh toán của đơn vị HCSN phát sinh trong mối quan hệ giữa đơn vị với các đối tượng bên trong và bên ngoài nhằm giải quyết các quan hệ tài chính liên quan tới quá trình hình thành, sử dụng và thanh quyết toán kinh phí ngân sách Nhà nước tập trung và kinh phí khác.