Trong phần này chúng ta sẽ xem xét bằng cách nào có thể xác định được trình tự nucleotit của các phân đoạn hoặc toàn bộ phân tử ADN mong muốn. Về một khía cạnh nào đó, có thể coi giải mã trình tự các nucleotit là việc đánh dấu mẫu dò triệt để nhất của một hệ gen với tính chọn lọc cao. | Giải mã trình tư ADN Trong phần này chúng ta sẽ xem xét bằng cách nào có thể xác định được trình tự nucleotit của các phân đoạn hoặc toàn bộ phân tử ADN mong muốn. Về một khía cạnh nào đó có thể coi giải mã trình tự các nucleotit là việc đánh dấu mẫu dò triệt để nhất của một hệ gen với tính chọn lọc cao. Chúng ta sẽ xác định toàn bộ trình tự hệ gen của các cơ thể sinh vật có mức độ cấu tạo phức tạp khác nhau từ vi khuẩn cho đến loài người và điều này cho phép chúng ta tìm thấy mọi trình tự đặc hiệu một cách nhanh và chính xác thông qua việc sử dụng các phần mềm máy tính với các thuật toán phù hợp. Hay nói cách khác các chất chọn lọc của chúng ta ở đây là các chuỗi bazơ nitơ được chúng ta nhập vào phần mềm máy tính. Do cơ sở dữ liệu về các hệ gen ngày càng trở nên phong phú nên ngày càng trở nên dễ dàng hơn để có thể tìm thấy các bản sao của trình tự các hệ gen hoặc của các trình tự có liên quan trong cùng một loài hoặc của các loài khác. Rõ ràng việc giải mã trình tự các nucleotit đã tạo ra một cơ sở dữ liệu khổng lồ phục vụ cho các nghiên cứu giải mã trình tự và so sánh giữa các hệ gen . Nguyên tắc giải mã trình tự ADN về cơ bản dựa trên việc phân tách các phân đoạn ADN có kích thước khác nhau được giới hạn bởi hai đầu. Các phân tử ADN đều giống nhau ở phần đầu 5 nhưng kết thúc ở phía đầu 3 có các nucleotit khác nhau. Các thành viên của một nhóm sẽ có nucleotit ở phía đầu 3 giống nhau. Như vậy trong một nhóm sẽ bao gồm tất cả các phân tử ADN tận cùng đầu 3 bằng G nhóm khác tương ứng là A C và T. Trong mỗi nhóm các phân tử sẽ có kích thước khác nhau phụ thuộc vào vị trí của nucleotit tương ứng ví dụ như G nằm trên phân tử ADN. Các phân đoạn khác biệt về chiều dài như vậy có thể phân tách được nhờ sử dụng kỹ thuật điện di trên gel polyacrylamid. Chẳng hạn khi chạy .
