Việc so sánh hệ gen giữa các loài động vật khác nhau là cơ sở trực tiếp để đánh giá sự biến đổi về cấu trúc gen và trình tự của chúng xuất hiện trong quá trình tiến hóa. Việc so sánh các hệ gen như vậy đồng thời cùng giúp khẳng định chắc chắn hơn về các vùng gen mã hóa protein trong một hệ gen của loài nào đó. | Phân tích so sánh các hệ gen Việc so sánh hệ gen giữa các loài động vật khác nhau là cơ sở trực tiếp để đánh giá sự biến đổi về cấu trúc gen và trình tự của chúng xuất hiện trong quá trình tiến hóa. Việc so sánh các hệ gen như vậy đồng thời cùng giúp khẳng định chắc chắn hơn về các vùng gen mã hóa protein trong một hệ gen của loài nào đó. Ví dụ như các exon của các gen đồng tiến hóa có mức độ bảo thủ cao hơn nhiều so với các intron. Việc so sánh hệ gen người và chuột đã tìm thấy nhiều exon có tính bảo thủ cao. Việc so sánh giữa các hệ gen cũng đồng thời giúp xác định các trình tự exon ngắn hay tìm thấy ở phần đầu 5 của gen và vùng promoter li vốn thường bị sót khi xác định bằng phần mềm máy tính. Một trong những khám phá nổi bật của phép phân tích so sánh các hệ gen là việc tìm ra sự phổ biến của tính bảo thủ liên kết giữa các gen trên cùng NST. ơ người và chuột sự bảo thủ của tính liên kết giữa các gen trên cùng NST là rất phổ biến. Trong nhiều trường hợp tính bảo thủ này được tìm thấy ở cả các loài rất xa nhau trong quá trình tiến hóa ví dụ như ở loài cá bể dẹt có tổ tiên chung với các loài động vật có vú từ 400 triệu năm trước đây. Hiện tượng phổ biến của sự bảo thủ trong tính liên kết của nhiều gen cho thấy có nhiều khả năng các gen láng giềng cùng dùng chung các trình tự điều hòa gen. Một điều tra dùng phần mềm máy tính gần đây tìm thấy trong một đoạn NST có kích thước 100 - 200 kb ở ruồi dấm Drosophila có 10 - 20 gen liên kết có hình thức điều hòa sự biểu hiện giống hệt nhau. Ớ ruồi dấm có khoảng 500 - 1000 đoạn NST duy trì sự liên kết bảo thủ này có thể là do các gen liên kết cùng phụ thuộc vào các trình tự điều hòa chung ở vùng NST đó. Các trình tự mã hóa protein không chỉ là các vùng của hệ gen được giới hạn về chức năng. Các trình tự điều hòa vị trí gắn của các yếu tố phiên mã và các .
