Hầu hết các phân tử ADN trong tự nhiên đều lớn hơn nhiều so với kích thước có thể thao tác và phân tích một cách thuận lợi trong phòng thí nghiệm. Trong các tế bào, phần lớn các nhiễm sắc thể thường là một phân tử ADN dài chứa hàng trăm thậm trí hàng nghìn gen khác nhau. | Sứ dụng enzym giới hạn trong phân tích ADN Hầu hết các phân tử ADN trong tự nhiên đều lớn hơn nhiều so với kích thước có thể thao tác và phân tích một cách thuận lợi trong phòng thí nghiệm. Trong các tế bào phần lớn các nhiễm sắc thể thường là một phân tử ADN dài chứa hàng trăm thậm trí hàng nghìn gen khác nhau. Vì vậy để có thể phân lập và phân tích từng gen người ta phải cắt các phân tử ADN kích thước lớn thành các phân đoạn nhỏ. Công việc này được thực hiện bởi một nhóm các enzym đặc biệt gọi là enzym giới hạn. Tất cả các enzym giới hạn đều có hai đặc tính 1 nhận biết một trình tự đặc hiệu trên phân tử ADN gọi là trình tự giới hạn và 2 cắt bên trong phân tử ADN tại vị trí đặc hiệu hoặc ngay tại vị trí giới hạn như đối với nhóm enzym giới hạn loại hoặc cách vị trí giới hạn một số nucleotit nhất định như đối với các nhóm enzym giới hạn thuộc các nhóm và . Trong các nhóm enzym giới hạn nhóm thường được dùng trong các nghiên cứu di truyền phân tử và kỹ nghệ gen là nhóm nhờ vị trí và trình tự cắt của chúng được xác định rõ. Vì vậy chúng ta chỉ đề cập đến việc ứng dụng của nhóm enzym giới hạn này. Các trình tự giới hạn của enzym nhóm thường gồm 4 - 8 bp thông thường có tính đối xứng và vị trí cắt thường nằm trong trình tự giới hạn này. Ví dụ như enzym giới hạn coR được tìm thấy ở vi khuẩn E. coli có trình tự giới hạn là 5 -GAATTC- 3 với vị trí cắt ở giữa G và A. Tên enzym gồm 3 ký tự đầu chỉ tên loài vi khuẩn mà từ đó enzym được tìm thấy Eco Escherichia coli các ký tự sau chỉ tên của chủng vi khuẩn và số thứ tự của enzym được tìm thấy ở loài vi khuẩn đó EcoRI là enzym giới hạn đầu tiên được tìm thấy ở E. coli . Một enzym giới hạn có trình tự giới hạn gồm 6 bp giống EcoRI thông thường được trông đợi sẽ có trung bình một vị trí cắt trong một đoạn trình tự có kích thước khoảng 4 kb bởi theo nguyên tắc xác suất tại một vị trí nhất định xác suất
