Quá trình này ngược với quá trình tổng hợp các chất. Đến nay, sinh quyển đang trong trạng thái ổn định của mình, hai quá trình trên cũng ổn định, nếu không bị chính con người hủy hoại. | Quá trình phân hủy các chất trong hệ sinh thái Quá trình này ngược với quá trình tông hợp các chất. Đến nay sinh quyển đang trong trạng thái ôn định của mình hai quá trình trên cũng ôn định nếu không bị chính con người hủy hoại. Quá trình phân hủy các chất trong tự nhiên xảy ra theo các dạng chính Hô hấp hiếu khí hay oxy hóa sinh học trong đó chất nhận điện tử hay là chất oxy hóa là oxy phân tử. Hô hấp hiếu khí ngược với quá trình quang hợp tức là các chất hữu cơ bị phân giải để cho sản phẩm cuối cùng là khí cacbon dioxyt CO2 và nước. Do đó tất cả các loài động thực vật cũng như đa số đại diện của Monera và Protista mới có năng lượng để duy trì mọi hoạt động sống và cấu tạo nên chất sống riêng cho mình. Tuy nhiên CO2 nước và chất tế bào cũng có thể được tạo thành song nếu phản ứng oxy hóa chưa hoàn toàn kết thúc thì các hợp chất hữu cơ ấy vẫn còn được phân hủy tiếp bởi các nhóm sinh vật khác trong điều kiện đặc biệt như hô hấp kỵ khí hoặc lên men. Hô hấp kỵ khí xảy ra không có sự tham gia của oxy phân tử. Chất nhận điện tử hay chất oxy hóa không phải là O2 mà là chất vô cơ hay chất hữu cơ khác. Nhiều vi sinh vật hoại sinh vi khuẩn nấm động vật nguyên sinh tiến hành phân hủy các chất trong điều kiện không có oxy. Chẳng hạn vi khuẩn mê tan phân giải các hợp chất hữu cơ đê tạo thành khí mê tan CH4 bằng cách khử cacbon hữu cơ hoặc vô cơ cacbonat trong các đáy ao hồ. Vi khuẩn mê tan còn tham gia vào việc phân hủy phân gia súc và phân của các loài nhai lại khác. Vi khuẩn Desulfovibrio khử sunphat trong các trầm tích biên sâu đê tạo thành H2S như ở biên Đen. Nhiều nhóm vi khuẩn vi sinh vật kỵ khí tùy ý có khả năng hô hấp hiếu khí và kỵ khí tuy nhiên năng lượng được giải phóng ra do hô hấp hiếu khí cao hơn nhiều so với hô hấp kỵ khí. Vi khuẩn hiếu khí Aerobacter .
