Dù Mạc Mậu Hợp và sau đó là Mạc Toàn bị bắt và bị giết thì thế lực của nhà Mạc chưa bị tiêu diệt hết. Theo Đại Việt Sử ký toàn thư, cho đến đầu thế kỷ 17 thì các vùng như Thái Nguyên, Lạng Sơn, Cao Bằng vẫn thuộc quyền quản lý của nhiều người như Mạc Kính Chỉ, Mạc Kính Cung, Mạc Kính Khoan