Việc dò tìm đầu 5´ là một trong những thách thức lớn nhất trong việc dò tìm gene do rất khó xác định chính xác promoter và điểm khởi sự phiên mã (transcriptional start site TSS). Hiện nay, xấp xỉ gene người xuất hiện trên Genbank chỉ có khỏang 3000 gene là được ghi chú TSS. | Phương pháp dò tìm promoter và exon đầu 5 Việc dò tìm đầu 5 là một trong những thách thức lớn nhất trong việc dò tìm gene do rất khó xác định chính xác promoter và điểm khởi sự phiên mã transcriptional start site TSS . Hiện nay xấp xỉ gene người xuất hiện trên Genbank chỉ có khỏang 3000 gene là được ghi chú TSS. Hầu hết các cDNA lấy từ mRNA đều bị cắt ngắn đầu 5 do quá trình phiên mã ngược không thể tạo được đầu 5 . Gần đây một cơ sở dữ liệu chuyên biệt cho TSS Database of Transcriptional Start Site DBTSS đã được phát triển chứa đầu 5 của khỏang 8000 gene người. Đây thực sự là một nguồn dữ liệu cực kỳ hữu dụng cho nghiên cứu promoter. Cũng cần nhắc lại là họat động của promoter và quá trình khởi sự phiên mã thực sự khá phức tạp. Sau khi chromatin trong khu vực chứa promoter được tái cấu trúc theo hướng duỗi thẳng và siêu acetyl hóa phức hợp tiền khởi sự sẽ gắn lên vùng promoter lõi nằm xấp xỉ 100 bp ở hai phía TSS . Quá trình phiên mã sau đó sẽ được điều khiển chủ yếu bởi các yếu tố phiên mã gắn lên vùng lân cận promoter khỏang 1 kb theo hướng thượng nguồn của TSS và vùng intron đầu tiên. Hiện có nhiều chương trình dùng để chỉ định TSS và và promoter. Nhưng hầu hết đều không có độ chính xác cao đặc biệt là chúng không có khả năng nhận diện các dấu hiệu dương tính giả. Trong trường hợp người ta có một vùng không gian DNA khá rộng lớn .
